17:54
0 C°
Пробки:   6
$
75.0400
91.2186

Следить за мутациями – с первой отечественной тест-системой для секвенирования полного генома коронавируса SARS-CoV-2

4 декабря 2020 года
2270
Следить за мутациями – с первой отечественной тест-системой для секвенирования полного генома коронавируса SARS-CoV-2

Компания Parseq Lab (Санкт-Петербург) при сотрудничестве с ФГБУ «НИИ гриппа им А.А. Смородинцева» Минздрава России разработала первую отечественную тест-систему для секвенирования полного генома коронавируса SARS-Cov-2.

Высокотехнологичное решение позволит наблюдать за изменениями генома вируса и оперативно реагировать на них. Разработка проводилась в рамках Российского консорциума по секвенированию геномов коронавирусов (CoRGI).

По всему миру продолжают выявлять случаи заражения вирусом SARS-CoV-2, вызывающим COVID-19. Когда вирус активно распространяется, он непрерывно мутирует – поэтому ключевую роль в борьбе играют научные исследования. Ведь изменения генома вируса оказывают прямое влияние как на эффективность создаваемых вакцин и используемых методов диагностики и лечения, так и на его вирулентность и трансмиссивность. Контролировать ситуацию помогут грамотный мониторинг генетических изменений и своевременная передача данных в общую международную базу EpiCoV GISAID.

На сегодняшний день стандартным способом диагностики COVID-19 остаётся метод полимеразной цепной реакции (ПЦР). В ходе ПЦР нарабатываются специфические короткие участки вирусного генома – таким образом можно определить присутствует ли в исследуемом образце вирус.  Высокоспецифичные ПЦР тест-системы были разработаны благодаря данным, полученным в результате расшифровки генома возбудителя методом секвенирования. Способ позволяет определять последовательность нуклеотидов в геноме вируса, что делает высокопроизводительное секвенирование нового поколения (NGS, MPS) незаменимым методом для исследования изменчивости SARS-CoV-2.

Секвенирование генома вируса является важной прикладной задачей: так, в 2020 году Центр по контролю и профилактике заболеваний США выделил на поддержку программы секвенирования SARS-CoV-2 почти 9 миллионов долларов. Кроме финансовой поддержки, центр официально рекомендовал использовать метод для подтверждения случаев повторного заражения.

В России исследования геномов коронавируса также проводятся – в рамках Российского консорциума по секвенированию геномов коронавирусов.  Объединение было создано летом 2020 года по инициативе ФГБУ «НИИ гриппа им А.А. Смородинцева» Минздрава России. Сегодня данные собираются из 36 регионов России и добавляются в международную базу данных EpiCov GISAID.

Среди наиболее популярных и часто используемых протоколов секвенирования – ARTIC Network. Однако из-за того, что протокол опирается на реагенты зарубежных производителей с длительными сроками поставки, существенно страдает оперативность проведения подобных исследований. К тому же ARTIC Network несовершенен – глубина покрытия генома SARS-CoV-2 зачастую оказывается неравномерной, что снижает качество данных о некоторых областях.

«Тест-система Parseq Lab за счет использования большего количества более коротких ампликонов по сравнению с ARTIC Network позволяет добиться более равномерного покрытия генома. Следует отметить, что на запуск с одним и тем же объемом данных тест-система Parseq Lab позволяет проанализировать больше образцов», – отмечает Андрей Комиссаров, заведующий лабораторией молекулярной вирусологии ФГБУ «НИИ гриппа им А.А. Смородинцева» Минздрава России.

При разработке новой тест-системы компания Parseq Lab ставила цель максимально покрыть геном вируса SARS-Cov-2 и стандартизировать анализ данных. Для этого необходимо было создать набор реагентов и разработать специальное программное обеспечение для обработки данных. В поиск решения включились молекулярные генетики, биоинформатики и программисты. Итогом стала новая тест-система VariFind™ SARS-Cov-2 assay, которая была опробована на базе ФГБУ «НИИ гриппа им А.А. Смородинцева». Новое высокотехнологичное решение показало практически полное и равномерное покрытие всего генома вируса и позволило в 2 раза увеличить количество одновременно анализируемых образцов, сократив временные затраты на анализ.

Для работы с геномом SARS-Cov-2 было решено использовать адаптированное программное обеспечение (ПО) VariFind™ Software. Ранее его использовали в тест-системах Parseq Lab для анализа данных генома человека. За это время программное обеспечение показало себя качественным и надёжным. VariFind™ Software позволяет выравнивать результаты секвенирования на референсный геном изолята Wuhan-Hu-1 и обнаруживать мутации в исследуемых образцах. ПО поможет существенно облегчить труд учёных по обработке данных и подвести анализ под единые алгоритмы и стандарты. Такое решение должно поспособствовать внедрению секвенирования нового поколения геномов SARS-CoV-2 в различные научные и диагностические учреждения и лаборатории России.

 

Метки: Parseq Lab

Обсуждение

Пресс-релизы по теме

Смотреть все
Семейные посиделки в Likee: какая знаменитость выращивает цыплят на карантине?
15 июня 2020 года
4147
Likee провело онлайн-трансляцию «Семейные посиделки»! Приложение для создания коротких видеороликов Likee провело онлайн-трансляцию «Семейные посиделки», приуроченную к Международному дню защиты детей. В прямом эфире пользова
Звёзды шоу «Открытый микрофон» приглашены стать преподавателями спецкурса Puzzle English по английскому юмору
2 июля 2018 года
3368
Звёзды стендап-шоу канала ТНТ «Открытый микрофон» англичанин Майло Эдвардс и Иван Иванович из Мытищ получили неожиданное приглашение – стать преподавателями английского языка. Москва, 02 июля 2018. – Звёзды стендап-шоу канала ТНТ «Открытый микрофо

Свежие пресс-релизы

Смотреть все
Х5 опубликует первый отчёт об устойчивом развитии по стандартам GRI
28 января 2021
69
X5 Retail Group N.V. («X5» или «Компания»), ведущая мультиформатная розничная компания России (тикер на Лондонской фондовой бирже и Московской бирже: FIVE), объявляет о намерении опубликовать первый отчет об устойчивом развити
В 2021 году Москва дополнительно выделит 750 млн на обеспечение людей с инвалидностью техническими средствами реабилитации
28 января 2021
193
В 2021 — 2023 годах Москва в полном объеме сохранит социальные обязательства перед жителями, одно из важнейших — обеспечить условия для полноценной жизни людей с инвалидностью. В столице проживают более 1 миллиона человек с инвалидностью,
«Ингосстрах» продолжит страховать квартиры москвичей на выгодных условиях
28 января 2021
201
Компания «Ингосстрах» запускает новый продукт по страхованию жилья для жителей города Москвы. С 1 января 2021 года москвичи могут оформить полис страхования квартиры на аналогичных Городской программе страхования жилья Правительства Москв
«Говори руками»: за новогодние праздники в неголосовой центр помощи поступило более ста обращений.
28 января 2021
184
Более 100 обращений поступило за 10 дней новогодних праздников на горячую линию неголосового центра помощи «Говори руками». Беспрерывная работа службы позволила слабослышащим и глухим москвичам получать во время январских каникул помощь в
«Укрепление рубля и рост рынка акций: аналитики УК «Альфа-Капитал» сделали прогнозы на 2021 год»
28 января 2021
312
Наступивший год может оказаться периодом улучшения деловой активности, что будет способствовать росту мировой экономики. Сильная просадка ВВП и других макроэкономических показателей в 2020 году сами по себе могут стать основой для восстановительного
Лучшие пресс-службы
Ингосстрах
Новостей: 500
ВТБ
Новостей: 348
Tele2
Новостей: 125
Россельхозбанк
Новостей: 116
Сбербанк
Новостей: 109
Почта России
Новостей: 89
ESET
Новостей: 84
Ростелеком
Новостей: 83
Промсвязьбанк
Новостей: 73

ПРЕСС-РЕЛИЗЫ МОСКВЫ


Пресс-релизы ГлобалМСК.ру – это актуальные новости от московских компаний.
На ресурсе регулярно публикуются официальные пресс-релизы компаний Москвы и Московской области. Узнать самые свежие новости предприятий можно в соответствующем разделе на главной странице. Размещение пресс-релизов — традиционный и действенный способ продвижения вашего бизнеса. Он позволяет организациям заявить о себе и своих товарах и услугах максимально широкой массе аудитории. При этом информационный повод может быть любым: привлечение людей на мероприятие или конференцию, освещение новых товаров или кадровые назначения. Если вы ставите цель привлечь внимание к своей информации, то ГлобалМСК.ру станет вашим надежным помощником в данном деле. Благодаря порталу ваш пресс-релиз увидят обозреватели ведущих интернет-изданий, клиенты и партнеры.
ГлобалМСК.ру дает возможности представителям компаний и организаций в Москве и Московской области самостоятельно разместить пресс-релиз при регистрации на ресурсе. Самая главная особенность ГлобалМСК.ру в том, что все публикации московских компаний попадают в архивы и будут доступны из поиска длительное время. Вам достаточно лишь добавить пресс-релиз в информационную ленту.
ГлобалМСК.ру предлагает своим клиентам абонементское обслуживание, которое позволяет компаниям регулярно публиковать пресс-релизы на выгодных условиях. Кроме того, бизнес портал дает возможность более полно рассказать о жизни компании благодаря добавлению фото и видеоматериалов, персон и цитат сотрудников. Все информационные материалы обладают активными ссылками и приведут потенциальных клиентов на ваш ресурс.
Потапова Алена

Директор по развитию
Следуйте за нами