Родился в 30 мая 1962 года в Ленинграде.
Окончил Пятигорский педагогический институт иностранных языков. Окончил Чикагскую высшую школу бизнеса по программе MBA. Доктор юридических наук, кандидат экономических наук.
Работал на различных должностях в компании "Интурист".
В 1988 году занимался проектами привлечения иностранных инвестиций.
С 1999 года - заместитель начальника финансово-экономического управления Федеральной службы налоговой полиции России.
В 2000 году был назначен заместителем начальника финансово-экономического управления Федеральной службы налоговой полиции России.
В 2001 году - представитель города Сочи в Москве в ранге заместителя главы городской администрации.
2002: Президент "Транстелеком"
В июне 2002 года - президент ЗАО "Транстелеком".
В марте 2003 года - член Совета директоров ОАО "Транстелеком".
В 2010 году покинул "Транстелеком".
Являлся председателем совета директоров столичного футбольного клуба «Локомотив».
В 2019 году Сергей Липатов стал акционером группы «Грас», занимавшейся строительством жилья в Москве и Сочи, а также вошел в совет директоров Межтрастбанка.