Родился 19 сентбря 1971 года в городе Нововсибирске.
В 1993 году окончил Санкт-Петербургский государственный университет путей и сообщения.
Его отец, Николай Никитин, в 1992 году основал компанию "Евросиб". Тогда же в структурах компании начал работать и Дмитрий. Когда в 1999 году после покушения Николай Никитин скончался, руководство компанией принял Дмитрий Никитин. Возглавив компанию, уволил половину сотрудников высшего управленческого звена, которые саботировали распоряжения молодого начальника. "Евросиб" входит в десятку крупнейших железнодорожных операторов в России, парк компании составляет более 11 тыс. вагонов.
Дмитрий Никитин занимается благотворительностью, спонсирует Международный детский турнир по настольному теннису памяти Николая Никитина. Также он является учредителем хоккейной ДЮСШ "Серебряные львы".
В 2011 году вошел в пятерку лучших менеджеров Петербурга по версии "Делового Петербурга".
Награжден Орденом преподобного Серафима Саровского 3 степени Русской Православной церкви.