Эдуард Зернин родился 5 августа 1971 года в городе Тула. В 1993 году окончил Тульский государственный технический университет по специальности «вычислительные машины, комплексы, системы и сети». Затем получил дополнительное образование в Институте переподготовки и повышения квалификации кадров по финансово-банковским специальностям Финансовой академии при Правительстве РФ по специальности «банковское дело».
Трудовую деятельность Зернин начал после окончания университета. В декабре 1994 года стал начальником депозитария филиала «Тульский» банка «Российский кредит». Затем в 1995 году назначен директором департамента валютных операций и международных расчетов АКБ «Тульский региональный банк». В 1996 году занял должность заместителя генерального директора по развитию, а в феврале 1998 года стал генеральным директором открытого акционерного общества ИК «Регион». Впоследствии являлся заместителем председателя правления АКБ «Финансово-Промышленный Банк».
В 1999 году Эдуард Зернин окончил Академию бюджета и казначейства Министерства финансов РФ по специальности «финансы и кредит, государственные и муниципальные финансы». Затем обучался в школе бизнеса Чикагского университета.
Эдуард Петрович с 2001 года являлся управляющим директором Region CEE Beteiligungs и членом совета директоров ИК «Регион». С 2003 года занимал пост исполнительного директора закрытого акционерного общества ИК «Регион». Затем в 2004 году стал заместителем генерального директора по финансам и корпоративному развитию группы компаний «Элекс-Полюс». В этом же году основал собственный инвестиционный бутик, специализировавшийся на венчурных инвестициях и сопровождении M&A сделок.
Впоследствии Зернин с 2006 по 2007 год работал генеральным директором Корпоративного центра открытого акционерного общества «Автоваз». Затем являлся управляющим директором OGMA Capital Partners. Впоследствии занял пост первого заместителя генерального директора комплекса «Лужники».
Эдуард Петрович Зернин является заместителем генерального директора общества с ограниченной ответственностью «ОЗК». В апреле 2019 года назначен исполнительным директором Союза экспортеров зерна.