Родился 21 августа 1955 года в Олонце (Карело-Финская ССР).
В 1972—1975 годах учился в Тульском политехническом институте, где снимал фильмы на любительской киностудии.
В 1980 году окончил сценарный факультет ВГИКа (мастерская Н. Фигуровского), в 1989 году — Высшие курсы сценаристов и режиссёров (мастерская Ролана Быкова).
Дебютный полнометражный фильм «День ангела» снял совместно с Николаем Макаровым в 1980 году (фильм вышел на экраны в 1988 году). В 1992 году организовал и возглавил кинокомпанию «СТВ». Продюсер более 40 художественных и документальных фильмов, отмеченных на российских и международных кинофестивалях. Продюсер телепрограмм «Лицедеи. Железные бабки» (ОРТ, 1996), «Сто лет кинематографу России» (ОРТ, 1996), «Линия кино» (ОРТ, 1996—1999).
Лауреат ряда кинематографических премий. Интервью с Сергеем Сельяновым о проблемах кинематографа неоднократно публиковались в ведущих деловых печатных изданиях России. Экономический журнал «Эксперт» в феврале 2003 года назвал Сергея Сельянова «единственным российским продюсером, чьё имя стало брэндом в области кинопроизводства».
22 апреля 2004 года прочитал открытую лекцию «Сказки, сюжеты и сценарии современной России» в рамках проекта Публичные лекции «Полит.ру» (пятая лекция).
В марте 2013 года в журнале Forbes категорически высказался против законопроектов Государственной думы, согласно которым предполагается отменить льготы по НДС на выручку от проката иностранных фильмов в кинотеатрах России и установить квоты в размере 20 % на прокат фильмов российского производства. По мнению продюсера, данные законы в случае их принятия «приведут к культурной изоляции страны, росту цен на билеты и закрытию кинотеатров».