С осени 1955 года — актёр Пермского драматического театра (ныне Пермский академический Театр-Театр). Режиссурой начал заниматься в 1956 году в самодеятельном студенческом коллективе Пермского университета; некоторые из его учеников получили известность. В 1959 году вернулся вместе с супругой Н. Лапшиновой в Москву и устроился работать в Московский драматический театр имени Н. В. Гоголя, из которого перешёл в Московский театр миниатюр (ныне Театр «Эрмитаж») под руководство В. С. Полякова (1960—1964), где играла Н. Лапшинова, после — в Студенческий театр МГУ.
С 1965 года — режиссёр Московского театра сатиры, с 1973 года — главный режиссёр Московского театра имени Ленинского комсомола (с 1990 года — «Ленком»).
В 1970-е и 1980-е годы активно снимает кино, экранизировал ряд пьес Е. Шварца и Г. Горина в жанре фантастической притчи.
В 1989 году был избран народным депутатом СССР от Союза театральных деятелей СССР. Состоял в КПСС; в прямом эфире программы «Взгляд» сжёг свой партийный билет.
Работу в театре уже много лет сочетает с преподавательской деятельностью. Ещё в 1983 году художественный руководитель Московского академического театра имени В. В. Маяковского А. А. Гончаров пригласил его в ГИТИС преподавать режиссуру. В настоящее время — профессор кафедры режиссуры РИТИ.
Марк Захаров — секретарь Союза театральных деятелей РФ, член Союза кинематографистов СССР, академик Академии российского телевидения (1997), академик Международной академии творчества (2000), академик Российской академии кинематографических искусств «НИКА», академик Национальной академии кинематографических искусств и наук России, член Союза писателей Москвы (1999), член Президиума независимой организации «Гражданское общество» и Национального фонда «Общественное признание», член Совета попечителей Московского английского клуба. Ведущий телепередачи «Серпантин». С 1994 года — член Попечительского совета телекомпании НТВ. С 1996 года — первый заместитель председателя Совета при Президенте РФ по культуре и искусству.
В 1955 году окончил актёрский факультет ГИТИСа (ныне Российский институт театрального искусства — ГИТИС), где его педагогами были И. М. Раевский, Г. Г. Конский, П. В. Лесли)