Елена Мякотникова родилась 11 сентября 1975 года в городе Петропавловск-Камчатский, Камчатский край. В 1997 году окончила Государственную академию управления имени Серго Орджоникидзе по специальности «Мировая экономика».
С 2000 по 2009 год Мякотникова занимала должность финансового контролера, директора отдела внутреннего аудита и финансового директора ЗАО «Соник Дуо».
Елена Александровна с 2010 по 2012 год работала в группе АФК Система на позициях исполнительного вице-президента комплекса финансов и инвестиций ОАО «АФК Система», а также заместителя генерального директора - руководителя комплекса финансов, инвестиций и экономики ОАО «РТИ». В период с 2013 гола в течении четырех лет занимала должность заместителя руководителя Росимущества.
Мякотникова 25 апреля 2017 года вошла в состав дирекции Агентства стратегических инициатив. В зоне ответственности корпоративного директора АСИ стратегический контроль и обеспечение деятельности наблюдательного и экспертного советов, международное сотрудничество, взаимодействие с органами государственной власти.
Имеет чин государственной гражданской службы Российской Федерации «Действительный государственный советник Российской Федерации 3 класса».