Сергей Константинович Ситников родился 18 января 1963 года в Костроме.
В 1986 году окончил Костромской государственный педагогический институт (ныне университет) имени Н.А. Некрасова по специальности "история и педагогика".
С 1986 года по 1987 год проходил срочную службу в Вооруженных силах.
С ноября 1987 года по февраль 1991 года – инструктор отдела комсомольских организаций, заведующий идеологическим отделом, секретарь Костромского областного комитета ВЛКСМ.
В 1991 году работал редактором газеты "Молодой ленинец".
С февраля 1992 года возглавлял комитет по делам молодежи, семьи и детства администрации Костромской области.
В ноябре 1998 года Сергей Ситников стал председателем Костромской государственной телевизионной и радиовещательной компании.
С сентября 2002 года по декабрь 2004 года работал председателем калининградской ГТРК "Янтарь", председателем Костромской государственной телевизионной и радиовещательной компании, заместителем генерального директора ЗАО "Балтика РВ".
С января 2005 года по июль 2007 года – директор Костромского филиала Всероссийской государственной телевизионной и радиовещательной компании (ГТРК "Кострома").
С июля 2007 года по июль 2008 года работал заместителем руководителя Федеральной службы по надзору в сфере массовых коммуникаций, связи и охраны культурного наследия.
С июля 2008 года – заместитель руководителя, руководитель Федеральной службы по надзору в сфере связи, информационных технологий и массовых коммуникаций (Роскомнадзор).
13 апреля 2012 года Сергей Ситников был назначен временно исполняющим обязанности губернатора Костромской области.
25 апреля 2012 года президент РФ Дмитрий Медведев предложил Костромской областной думе утвердить кандидатуру Сергея Ситникова на пост губернатора области.
28 апреля депутаты наделили Ситникова полномочиями главы региона сроком на пять лет.
15 мая 2015 года президент России Владимир Путин принял досрочную отставку Сергея Ситникова с поста губернатора области по собственному желанию и назначил его временно исполняющим обязанности главы региона.
13 сентября 2015 года Ситников победил на выборах губернатора в Костромской области, за него проголосовали 65,62% избирателей.
15 октября Сергей Ситников официально вступил в должность губернатора Костромской области.
13 сентября 2020 года был переизбран губернатором Костромской области, за него проголосовали 64,66% избирателей.
Председатель Попечительского совета Костромского областного отделения Русского географического общества.
Действительный государственный советник Российской Федерации II класса (2012).