В 1988 году окончил Московский энергетический институт (Технический университет), по специальности «инженер-электромеханик», в 1995 году — Московскую государственную юридическую академию. Аспирантуру Международного независимого эколого-политологического университета.
Кандидат юридических наук (1999). Доктор экономических наук (2011).
С 1986 по 1992 год занимал ряд должностей в Московском энергетическом институте. Начав с поста младшего научного сотрудника кафедры электро-аппаратостроения, позже стал председателем профкома студентов, а затем и заместителем проректора МЭИ.
С 1990 по 1992 год избирался депутатом Калининского районного Совета народных депутатов г. Москвы.
С 1992 по 1993 год — директор студенческого городка Московского энергетического института.
С 1993 по 1998 год работал первым заместителем супрефекта муниципального округа «Лефортово». На этой должности курировал жилищно-коммунальное хозяйство и занимался развитием инфраструктуры округа.
С 1998 по 2000 год — глава управы района Лефортово.
С 2000 по 2003 год работал первым заместителем префекта Центрального административного округа города Москвы.
В декабре 2003 года назначен префектом Центрального административного округа города Москвы в ранге министра Правительства Москвы. На этом посту занимался вопросами, касающимися жилищно-коммунального хозяйства, антитеррористической деятельности префектуры и вопросами безопасности.
В октябре 2008 года вследствие успешной управленческой деятельности назначен заместителем Мэра Москвы в Правительстве Москвы по вопросам межрегионального сотрудничества, спорта и туризма. Курировал также рекламную отрасль, религию и ограничения в сфере игорного бизнеса в Москве.
26 октября 2010 года Байдаков назначен префектом Центрального административного округа (ЦАО) Москвы.
18 декабря 2012 года освобожден от занимаемой должности по собственному желанию.
Женат, имеет сына и дочь.