Николай Пестов — внук Василия Серафимовича Пестова.
В 1996 году с отличием окончил факультет журналистики Московского государственного университета имени М. В. Ломоносова.
Будучи студентом-первокурсником, в 1991 году начал работать журналистом в редакции газеты «Подольский рабочий». В 1992 году принят членом Союза журналистов России.
С мая 1994 года оставил творческую деятельность и начал карьеру чиновника, поступив на работу в администрацию города Подольска. Занимал должности председателя Комитета по делам молодёжи, заместителя главы городской администрации. В 2002—2003 годах работал первым заместителем главы администрации Подольска.
С декабря 2003 по декабрь 2005 назначался первым заместителем главы администрации города Щербинки.
В декабре 2005 года вновь получил пост первого заместителя главы подольской администрации, был исполняющим обязанности главы города.
12 марта 2006 года избран главой города на прямых всенародных выборах. Набрал более 83 процентов голосов. Переизбран на новый срок на прямых выборах 13 марта 2011 года. Набрал более 84 процентов голосов.
В марте 2015 года Пестов вместе с главой Подольского района Николаем Москалёвым и главой Климовска Владимиром Ивановым выступил в поддержку идеи объединения Подольска, Подольского района и Климовска в единый городской округ, выдвинутой губернатором Московской области Андреем Воробьёвым в рамках проводимой им так называемой муниципальной реформы, связанной с укрупнением муниципалитетов. В том же году Климовск, территория Подольского района вместе с городом Подольском была включена в состав города областного подчинения с административной территорией и городского округа Подольск. 16 октября 2015 года после образования единого Городского округа Подольск Советом депутатов единогласно избран главой округа.
26 октября 2020 года Советом депутатов избран главой Городского округа Подольск на новый срок при 32 голосах «за» и одном воздержавшемся.
9 февраля 2022 года после проведения отчёта перед жителями заявил о досрочном сложении полномочий главы.
В 2006–2021 гг. в Подольске в период руководства Н.И.Пестова, возведён путепровод на ул.Большой Серпуховской, реконструированы городские очистные сооружения с увеличением мощности до 150 кубометров в сутки, стадион «Труд», выведены из эксплуатации устаревшие ветхие очистные сооружения в Климовске и в сельских населённых пунктах, построены три миллиона кв.метров жилья, 12 современных школ, 23 детских сада, ФОК с бассейном на ул.Орджоникидзе, дом культуры в Быково и культурно-просветительский центр в Дубровицах, автодорога Южный обход Подольска, новый участок улицы 43-й Армии, Сквер Поколений с городскими часами, Благовещенский сквер, Екатерининский сквер, бульвары Юности, Льва Толстого, Евгения Карелова, православные храмы – Никольский на Красной горке, Георгиевский в Кутузово, священномученика Александра на Силикатной, Кирилло-Мефодиевский на Славянском бульваре, проведены масштабные работы по реконструкции парка «Дубрава» в Климовске и городского парка культуры и отдыха имени Виктора Талалихина с устройством катка площадью 2300 кв.метров, установлены памятники Екатерине Великой, Швейной машинке, воинам-интернационалистам и труженикам тыла на площади Славы, святым Петру и Февронии, Л.Н.Толстому, М.Ю.Лермонтову, кинорежиссёру Евгению Карелову, русскому художнику В.Д. Поленову, Героям Социалистического Труда А.А.Долгому и В.В.Стекольникову, почётному гражданину Московской области А.В.Никулину.