Михаил Блинкин родился 23 июля 1947 года в Москве. В 1970 году окончил механико-математический факультет МГУ по специальности «Математика».
До 1990-го года работал в государственных НИИ — сначала в дорожном, а затем в транспортном. Старший научный сотрудник по специальности «Автомобильные дороги и автомобильный транспорт». В 1991 году учредил «Независимую транспортную лабораторию» (ТРАНСЛАБ), преобразованную позже в Некоммерческое партнерство «НИИ ТДХ».
Кандидат технических наук по специальности «Техническая кибернетика и теория информации», тема диссертации — «Макроскопические модели транспортного потока в системах управления движением на автомобильных магистралях» (1978). В молодости направления научной деятельности Блинкина — топологическая алгебра и алгебраическая топология.
Финансовый аналитик, в 1992 году получил сертификат Лондонской школы политических и экономических наук.
С 1992 года работал в «Независимой транспортной лаборатории», преобразованной в 2003 году в Научно-исследовательский институт транспорта и дорожного хозяйства. Занимался научными разработками в области транспортной политики, экономических и институциональных проблем дорожного хозяйства, городского транспортного планирования, безопасности дорожного движения. Практические разработки Блинкина — методические материалы и проекты нормативных правовых актов, использованные в многочисленных официальных документах Минтранса России и Росавтодора, а также профильных комитетов Госдумы РФ.
За время научной карьеры опубликовал более ста работ и методических разработок. Автор многочисленных статей и интервью по проблемам транспорта, транспортной ситуации в мегаполисах, развитию дорожно-транспортной инфраструктуры. Один из самых публикуемых и цитируемых российских экспертов-транспортников. Участник множества телепередач, приглашённый эксперт в информационных и аналитических программах телевидения.
В 2011 году приглашён в НИУ ВШЭ на должность директора вновь организованного Института экономики транспорта и транспортной политики. Профессор, старший научный сотрудник.