Сергей Каргинов родился 5 сентября 1969 года в городе Вологда, СССР. В период с 1987 по 1989 год проходил службу в армии. В 2003 году был избран депутатом по списку ЛДПР Законодательного собрания Вологодской области. В 2005 году окончил Институт мировых цивилизаций по специальности «юриспруденция».
В декабре 2011 года избрался депутатом Госдумы шестого созыва в составе федерального списка кандидатов от ЛДПР (Вологодская область). В 2014 году участвовал от ЛДПР в выборах губернатора Вологодской области, занял 3-е место с 10,34 %.
В сентябре 2016 года вновь избран депутатом Государственной Думы седьмого созыва по общефедеральной части федерального списка кандидатов от ЛДПР. Изначально был членом комитета по аграрным вопросам, с 17 июля 2018 года — зампред комитета по региональной политике и проблемам Севера и Дальнего Востока. В ноябре 2015 года, в преддверии выборов в Государственную Думу седьмого созыва, возглавил Управление организационно-партийной работы ЦА ЛДПР. С 2016 года — первый заместитель руководителя Центрального Аппарата ЛДПР.