Сергей Афанасьев родился 27 декабря 1963 года в городе Клин, Московская область. В 1987 году, окончил Московский Государственный Университет имени Ломоносова. Позднее, получил дополнительное образование, успешно завершив полный курс обучения в Российской академии государственной службы.
Трудовую деятельность, Афанасьев начал непосредственно по окончании ВУЗа. Начиная с 1995 года, являлся Исполнительным директором Фонда «Научно-методический центр «Социальные и пенсионные технологии».
С 1995 по 1996 год, работал в должности главного специалиста Министерства социальной защиты населения Российской Федерации.
Далее, с 1996 по 2004 год, находился на должности главного специалиста и заместителя руководителя Департамента по вопросам пенсионного обеспечения Министерства труда и социального развития Российской Федерации.
С 2004 по 2010 год, опытный управленец последовательно замещал должности заместителя директора, директора Департамента развития социального страхования и государственного обеспечения и заместителя директора Департамента развития социального страхования и государственного обеспечения.
Так же, являлся Директором Департамента развития соцстрахования и государственного обеспечения и Директором Департамента развития социального страхования и государственного обеспечения Министерства здравоохранения и социального развития РФ.
Затем, в 2010 году, приступил к работе в должности Председателя Фонда социального страхования Российской Федерации.
В марте 2013 года, Афанасьев Сергей Анатольевич назначен на должность заместителя Председателя Правления Пенсионного фонда Российской Федерации.