После окончания школы год работал художником-конструктором Павлодарского тракторного завода. Затем служил в армии во внутренних войсках МВД СССР. В 1978—1982 годах — художник-постановщик на Свердловской киностудии на фильмах «Гонка с преследованием», «Дым Отечества», «Казачья застава», «Вот такая музыка».
Работал ассистентом режиссёра у Никиты Михалкова на фильмах «Несколько дней из жизни И. И. Обломова», «Пять вечеров», «Родня». Режиссёрским дебютом Хотиненко стал фильм «Один и без оружия», который он снял в паре с Павлом Фаттахутдиновым в 1984 году.
Является заведующим кафедрой режиссуры во Всероссийском государственном университете кинематографии (ВГИК). Преподаёт режиссуру на Высших курсах режиссёров и сценаристов игрового кино. Руководит Мастерской Факультета режиссуры в Московском институте телевидения и радиовещания «Останкино».
С 26 июля 2010 года — член Патриаршего совета по культуре (Русская православная церковь).
В марте 2017 года вошёл в состав Общественной палаты Российской Федерации.
Учился в школах Славгорода и Павлодара (Казахская ССР). В 1976 году с отличием окончил Свердловский архитектурный институт. В 1981 году окончил Высшие курсы сценаристов и режиссёров (мастерская Н. Михалкова).