Родился 8 апреля 1972 года.
В 1995 году начал работать аудитором в консалтинговой компании Firestone Duncan (ЗАО «Файерстоун Данкен», Firestone Dunken). Впоследствии стал управляющим партнером компании и главой ее подразделения по налоговым консультациям.
Одним из клиентов Firestone Duncan был российский филиал инвестиционного фонда Hermitage Capital Management (HCM, член международной банковской группы HSBC), который в начале 2000-х годов называли крупнейшим в России и одним из самых прибыльных в мире.
27 ноября 2008 был арестован по делу Hermitage. Ему инкриминировалось содействие в уклонении организации от уплаты налогов в особо крупном размере (часть 2 статьи 199 Уголовного кодекса РФ, предусматривающая до шести лет заключения).
В качестве меры пресечения было применено заключение под стражу.
В апреле 2009 его перевели в следственный изолятор «Матросская тишина». В июле того же года у него выявились проблемы со здоровьем, и был поставлен диагноз «калькулезный холецистит», позже врачи обнаружили камни в желчном пузыре обвиняемого. В конце июля Магнитского перевели в Бутырский следственный изолятор, в котором состояние здоровья Магнитского еще больше ухудшилось, в частности, из-за отсутствия больницы при СИЗО.
Скончался 16 ноября 2009 в госпитале при СИЗО «Матросская тишина».