Геннадий Малахов родился 20 сентября 1954 года в городе Каменск-Шахтинский, Ростовская область. После окончания одиннадцати классов школы Геннадий Малахов отправился в профтехучилище, где стал учиться на слесаря. Параллельно с этим продолжал заниматься спортом, который, по сути, оставался его единственным ярким увлечением. В 1974 году стал Мастером спорта по тяжелой атлетике, выполнив норматив - 140 рывок, 170 толчок.
Получив диплом ПТУ и разряд электрослесаря, Геннадий устроился на работу, однако довольно-таки скоро оставил ее и решил продолжить обучение в Центральном институте физической культуры. Малахов отправился в Москву, где вскоре стал студентом выбранного ВУЗа.
Учеба протекала обычно, однако судьбоносное значение в жизни Геннадия сыграл не московский институт, а самая обычная болезнь. Дело в том, что в юношеском возрасте он «заработал» себе серьезное воспаление гланд. Традиционная медицина не помогала справиться с недугом, и поэтому Геннадий Малахов решил пойти нетривиальным путем.
Через далеких знакомых он вышел на доктора, которого сегодня называет Юрий Павлович. По его настоянию Геннадий прошел курс лечения и особого очищения организма, который строился на принципах йоги и народной медицины. В итоге болезнь отступила, однако оставила после себя крайнюю увлеченность нетрадиционной медициной.
Некоторое время спустя сам для себя Малахов начал изучать труды известных литераторов Европы и США. Он читал книги Герберта Шелтона, Пола Брэгга, Нормана Уокера, а также некоторых других авторов. На основании их советов Геннадий Петрович часто создавал свои собственные рецепты, совершенствуя и дополняя уже существующие практики. Методы лечения Малахова строились не только на сочетании тех или иных веществ, растений. В какой-то момент к ним добавились также гимнастические и йогистские упражнения и практики. Таким образом, оздоровительное влияние на организм проводилось сразу несколькими методами.
В конце восьмидесятых годов Геннадий стал делиться своими наработками не только с друзьями и знакомыми, но и со сторонними слушателями. Для этих целей организовал оздоровительный клуб «Бодрость», где начал преподавать свои техники оздоровления организма. Малахов проводил занятия по йоге, ушу, лечебной гимнастике, а также давал советы касательно правильного питания и способов очистки организма.
Несколько лет спустя на прилавках российских магазинов стали появляться его первые книги. Благодаря ним Геннадий стал очень популярен среди простых россиян, а потому некоторое время спустя его стали часто приглашать на телевидение.
Время от времени, Малахов давал консультативные советы в прессе и на ТВ, однако своей собственной телевизионной передачей наш сегодняшний герой обзавелся значительно позднее. В 2006 году российский Первый канал представил зрителям цикл утренних передач «Малахов+Малахов», в рамках которых Геннадий Петрович работал со своим однофамильцем Андреем Малаховым. Однако тот довольно скоро покинул «лечебно-медицинский» проект. Поэтому программа получила новое название «Малахов+». Соведущей стала Елена Проклова.
Темы передач телезрители присылали в редакцию самостоятельно, задавая, таким образом, вектор течения программы. Сам же Геннадий Петрович давал медицинские рекомендации по тем или иным вопросам. Однако уже с первых же дней своего существования передача «Малахов+» стала предметом жарких дискуссий в Интернете, прессе и научной среде.
Геннадия Малахова сравнивали с Кашпировским и часто упирали на то, что программа носит псевдонаучный характер. В социальных сетях ширилось количество упоминаний о «не сработавших» рекомендациях Малахова. Его постоянно называли шарлатаном, а методы - крайне опасными и псевдонаучными.
Но, несмотря на огромный поток критики в адрес ее ведущего, программа «Малахов+» пользовалась бешенной популярностью. В частности, часто упоминается, что ее телевизионный рейтинг превышал рейтинг чемпионата России по футболу. Около 26% телезрителей в утреннем эфире смотрели именно ее. А это является просто сумасшедшим рейтингом для передач подобной направленности. Геннадий Малахов стал крайне популярен. Его книги продавались огромными тиражами, а он сам стал часто появляться на телевидении в качестве гостя.
Однако, несмотря на это, в 2011 году Геннадий Петрович покинул российский Первый канал и стал выступать на украинском телевидении «Iнтер», где вел передачу «Здоровенькі були з Малаховим». Дирекция российского телевидения грозила телеведущему огромными неустойками и штрафами, но до суда дело так и не дошло.
Некоторое время спустя Малахов оставил Украину и вновь вернулся в Россию, где стал работать в программе «В гостях у Геннадия Малахова», которая выходила на Восьмом канале. В декабре 2012 года после долгого перерыва Малахов вернулся на российский Первый канал, где стал вести шоу «Доброго здоровьица» с соведущей Ангелиной Вовк.
В 2016 году принимал участие в программе «Таблетка» на «Первом канале». С осени 2016 - является ведущим программы «Азбука здоровья» на канале ТВ3.