Евгений Вячеславович Евстратов родился 10 июля 1961 года в городе Ангарске Иркутской области. В 1978 году окончил среднюю школу № 10 г. Ангарска с золотой медалью. В 1978 году поступил на факультет проблем физики и энергетики Московского физико-технического института, который окончил в 1984 году, получив диплом по специальности «Экспериментальная ядерная физика».
С 1984 по 1991 год Евстратов работал в филиале Института атомной энергии имени И. В. Курчатова (ныне — ТРИНИТИ) в городе Троицке Московской области. Занимал должности инженера, младшего научного сотрудника и научного сотрудника. Занимался физикой взаимодействия лазерного излучения с веществом, включая термоядерный синтез, принимал участие в работах по ликвидации последствий аварии на Чернобыльской АЭС. C 1988 года учился в аспирантуре этого же института и в 1991 году защитил диссертацию, став кандидатом физико-математических наук.
В том же году перешел на работу в Институт проблем безопасного развития атомной энергетики Российской Академии наук (ИБРАЭ РАН). Принимал участие в создании и функционировании ситуационных кризисных центров для экспертной поддержки принятия решений в чрезвычайных ситуациях, в частности, в рамках Глобального партнерства группы G8 и международных организаций в области ликвидации ядерного наследия отвечал за создание регионального аварийно-технического центра по мониторингу радиационной обстановки и содействию в принятии решений на случай радиационных аварий при правительстве Мурманской области совместно с Европейским банком реконструкции и развития. Занимал должность старшего научного сотрудника, а в 1992 году стал заместителем директора ИБРАЭ РАН по организационно-экономической работе.
В декабре 2007 году Евстратов ушёл из ИБРАЭ РАН, а в январе 2008 года стал заместителем руководителя Федерального агентства по атомной энергии, а впоследствии — заместителем Генерального директора по ядерной и радиационной безопасности Государственной корпорации по атомной энергии «Росатом». Вошёл в Правление «Росатома» (вместе с другими заместителями генерального директора) и стал заместителем Председателя научно-технического совета Госкорпорации, а так же членом Правительственной комиссии по чрезвычайным ситуациям и ликвидации последствий стихийных бедствий. В феврале 2010 года Евстратов был также назначен директором Дирекции по ядерной и радиационной безопасности «Росатома». Работая в Госкорпорации, занимался вопросами захоронения радиоактивных отходов, обращения с отработанным ядерным топливом, а также всем тем, что было связано с выводом из эксплуатации отслуживших свой срок атомных объектов. В частности курировал предприятие, занимающееся эксплуатацией атомных ледоколов ФГУП «Атомфлот» в Мурманской области. Он отвечал за международное научно-техническое сотрудничество в области обеспечении ядерной и радиационной безопасности, включая координацию работ в рамках Глобального партнерства группы G8 и международных организаций. Является одним из инициаторов и главных разработчиков одного из фундаментальных правовых нормативно-правовых актов, направленных на преодоление проблем ядерного наследия гонки вооружений и перспективного развития атомной энергетики России: Федерального закона об обращении с радиоактивными отходами (подписан президентом РФ Д. Медведевым в июле 2011 года)) и законопроекта об отработанном ядерном топливе, а также неоднократно давал прессе интервью на эту тему
В июле 2011 года против Евстратова было возбуждено уголовное дело по материалам, сфабрикованным сотрудниками ГУЭБ и ПК МВД РФ, возглавляемым в то время Сугробовым Д. А. Операцией руководил лично Колесников Б. Б., следствие возглавляла старший следователь по ОВД СЧ ГУ МВД ЦФО Михайлова Е. А. В настоящий момент Сугробов Д. А. и Колесников Б. С. отстраненны от должности и осуждены за организацию преступного сообщества.
Следствие было закончено менее чем за месяц. Неадекватные сроки и очевидная фальсификация материалов в дальнейшем предопределили судьбу дела, как и многих других дел, инициированных указанными выше лицами. На первом же заседании суда материалы уголовного дела были возвращены Генеральному прокурору РФ в связи с допущенными существенными нарушениями закона. Президиум Московского городского суда подтвердил законность вынесенного Замоскворецким районным судом решения.
Следственная часть ГУ МВД РФ, расследовавшая дело, была расформирована в 2014 году в связи с выявленными грубыми нарушениями закона, и дело Евстратова Е. В. было передано в ГСУ ГУ МВД РФ по г. Москве. Рассмотрев полученные материалы, ГСУ возобновило следствие. Были проведены необходимые следственные действия: допросы, очные ставки, экспертизы. В результате в августе 2016 года СЧ ГСУ ГУ МВД РФ было вынесено постановление о прекращении уголовного преследования Евстратова Е. В. в связи с отсутствием в деянии состава преступления.
В настоящее время работает в области радиоэлектронной техники.