В 1975 году окончил Всесоюзный государственный институт кинематографии. В 1987 году окончил Высшую партийную школу (ВПШ) при ЦК КПСС. В 1990 году после избрания коллективом был назначен на должность генерального директора Госфильмофонда СССР (ныне Госфильмофонд России).
В 2001—2004 годах — заместитель Министра культуры Российской Федерации; в 2002 году Указом Президента РФ присвоен квалификационный разряд действительного государственного советника Российской Федерации 2 класса. В 2002 году защитил кандидатскую диссертацию «Управление процессом инвестирования отрасли культуры в условиях трансформации российской экономики», в 2004 году — докторскую диссертацию «Госфильмофонд России как материальная и гуманитарная основа отечественного киноведения: история и современность». В 2004—2007 годах — заместитель руководителя Федерального агентства по культуре и кинематографии.
В 2007 году после избрания на должность ректора возглавил Всероссийский государственный институт кинематографии имени С. А. Герасимова.
Член Правления и секретарь Союза кинематографистов России по вопросам профессионального кинообразования.
Член Российской Академии кинематографических искусств «Золотой орёл», действительный член Евразийской академии телевидения и радио. Член Союза писателей, президент Ассоциации вузов культуры и искусств России. Доверенное лицо Президента Российской Федерации В. В. Путина.
В 2012 году Указом В. В. Путина включён в состав Совета по общественному телевидению. Также является членом Совета при Президенте РФ по культуре и искусству (с 2008; в 2010—2012 — член президиума Совета), коллегии Министерства культуры РФ, Совета по кино при Правительстве РФ.
11 марта 2014 года подписал обращение деятелей культуры Российской Федерации в поддержку политики Президента РФ В. В. Путина на Украине и в Крыму.
В 2016 году сообщество «Диссернет» опубликовало материал о некорректных заимствованиях в кандидатских диссертациях В. С. Малышева и его сына Андрея.
Поддержал вторжение России на Украину.