Родился 28 февраля 1968 года в Саратове.
В 1989 году окончил Саратовский экономический институт (ныне Социально-экономический институт СГТУ им. Гагарина Ю. А.) по специальности «планирование промышленности». В 1995 году защитил кандидатскую диссертацию на тему «Формирование и развитие коллективных форм предпринимательской деятельности в период перехода к рыночным отношениям».[3] В 2003 году прошел профессиональную переподготовку в Академии народного хозяйства при Правительстве Российской Федерации. Докторскую диссертацию на тему «Методологические и организационные основы развития казначейской системы исполнения бюджетов в России» защитил в 2004 году.
С 1993 по 1996 год Прокофьев работал на руководящих должностях в банковском, страховом, консалтинговом, инвестиционном бизнесе. С 1996 по 1997 год был заместителем Министра экономики и инвестиционной политики Правительства Саратовской области. С 1997 по 1999 год — заместитель начальника Главного управления Центрального банка Российской Федерации по Саратовской области. С 1999 по 2004 год возглавлял Управления федерального казначейства Министерства финансов России по Саратовской и Московской областям. В январе 2005 года был назначен заместителем руководителя Федерального казначейства.
Заведующий кафедрой «Государственное и муниципальное управление» Финансового университета при Правительстве РФ.
Входит в состав редакционного совета международного научного издания The Russian Academic Journal.
15 ноября 2021 года на заседании Правительства РФ утверждён ректором Финансового университета при Правительстве Российской Федерации.