Мухадин Эскиндаров родился 15 ноября 1951 года в ауле Бесленей, Карачаево-Черкессия. В 1976 году окончил Кредитно-экономический факультет Московского Университета при Правительстве Российской Федерации и получил квалификацию «экономист». С 1976 по 1981 обучался в аспирантуре того же института, где в 1981 году получил ученую степень кандидата экономических наук. Позднее успешно защитил и докторскую диссертацию.
Профессиональную деятельность начал в Московском финансовом институте и прошел путь в этом учебном заведении от заместителя декана финансово-экономического факультета до ректора Финансового университета при Правительстве Российской Федерации.
С 1987 по 1991 год являлся руководителем группы советских преподавателей Аденского университета в Йеменской Арабской Республике.
Затем, до 2002 года Мухадин Абдурахманович занимал пост проректора по учебной работе, первый проректор по учебной работе и одновременно профессор кафедры мировой экономики и международных валютно-кредитных отношений в Финансовой академии при Правительстве Российской Федерации. С 2002 по 2006 год работал Первым проректором в этом же вузе.
В 2006 году Эскиндаров избран ректором Финансовой академии при Правительстве России, которая в 2010 году стала Финансовым университетом при Правительстве Российской Федерации.
Являясь председателем Всероссийского учебно-методического объединения (УМО) по группе экономических специальностей, проводит большую работу по координации научно-педагогической деятельности входящих в УМО свыше 700 высших учебных заведений, где ведется подготовка специалистов финансово-экономического профиля.
Эскиндаров - видный ученый -экономист. Диапазон его научных интересов включает проблемы эффективности труда и производства, формирования и развития финансово-промышленных групп, корпоративного управления, экономические проблемы мирового развития, в частности, развивающихся стран, проблемы высшего образования в России и в мире. Михаил Абдурахманович является автором более 180 научных публикаций - монографий, учебников, статей.
Указом Президента России Владимира Путина за выдающиеся заслуги в области науки и образования в 2019 году Эскиндаров удостоен ордена «За заслуги перед Отечеством» III степени.
Женат, воспитал двоих детей.