Андрей Батуркин родился 12 октября 1971 года в городе Москва. После школы до 1993 года учился в Московском экономико-статистическом институте, по специальности экономист-статистик. Через год окончил Институт высших управленческих кадров Академии народного хозяйства и государственной службы при Президенте Российской Федерации.
С 1993 по 1997 года начал трудовой путь с должности экономиста в коммерческих организаций.
С 1997 по 1999 года Батуркин работал в Администрации Московской области. Затем, до 2004 года трудился в Аппарате Правительства Российской Федерации.
В период с 2004 по 2010 года занимал должности заместителя Исполнительного директора, Вице-президента Российского союза автостраховщиков.
В 2010 году Андрея Николаевича назначили на пост заместителя руководителя Секретариата заместителя Председателя Правительства России при Министре финансов Российской Федерации Алексея Кудрина. В следующем году стал заместителем руководителя Секретариата Первого заместителя Председателя Правительства РФ Игоря Шувалова.
Приказом Правительства Российской Федерации 8 декабря 2016 года Андрей Батуркин занял должность заместителя руководителя Федеральной налоговой службы. Координировал и контролировал деятельность аналитического управления и управления обеспечения контроля оборота товаров.
По представлению Президента Российской Федерации 25 сентября 2019 года Батуркин назначен Советом Федерации Федерального Собрания Российской Федерации на должность аудитора Счетной палаты России.
Председатель правительства России Дмитрий Медведев 8 октября 2019 года подписал распоряжение об освобождении от должности заместителя руководителя ФНС Андрея Батуркина.
Андрей Николаевич удостоен классного чина «Действительный государственный советник Российской Федерации II класса».