В 2003 году окончила Кубанский государственный аграрный университет по специальности «бухгалтерский учет, анализ и аудит».
В период с 2006 по 2014 год замещала должности государственного налогового инспектора, старшего государственного налогового инспектора, главного государственного налогового инспектора, заместителя начальника отдела, начальника отдела, заместителя начальника инспекции в Межрегиональной инспекции Федеральной налоговой службы по крупнейшим налогоплательщикам № 7.
С 2014 по 2017 год замещала должности начальника отдела организации налогового контроля юридических лиц и заместителя начальника Контрольного управления Федеральной налоговой службы.
С 2017 по 2020 год замещала должность начальника Управления трансфертного ценообразования Федеральной налоговой службы.
Распоряжением Правительства Российской Федерации от 24 января 2020 года № 82-р Шепелева Юлия Вячеславовна назначена на должность заместителя руководителя Федеральной налоговой службы.