День и место рождения – 21 мая 1955 года в городе Чадан, Тувинская АССР. Отец – Кужугет Серээвич, работник партийно-советских органов, мать – Александра Яковлевна, начальник планового отдела при Министерстве сельского хозяйства республики Тува.
Окончив институт, в течение года работал мастером в тресте «Промхимстрой» города Красноярск.
С 1978 по 1979 годы был сначала мастером, позже – начальником участка в тресте «Тувинстрой» города Кызыл.
С 1979 по 1984 годы работал в должностях старшего прораба, главного инженера, начальника строительного треста «Ачинскалюминийстрой» в городе Ачинск.
С 1984 по 1985 годы занимал пост замуправляющего трестом «Саяналюминстрой» в городе Саяногорск.
С 1985 по 1986 годы работал в должности управляющего трестом «Саянтяжстрой» в городе Абакан.
С 1986 по 1988 годы занимал пост управляющего трестом «Абаканвагонстрой» в городе Абакан.
С 1988 по 1989 годы был 2-ым секретарем Абаканского ГК КПСС.
С 1989 по 1990 годы работал инспектором Красноярского краевого комитета КПСС в городе Красноярск.
С 1990 по 1991 годы занимал пост зампредседателя Госкомитета РСФСР по архитектуре и строительству в городе Москва.
В 1991 году возглавил Российский корпус спасателей в городе Москва.
В этом же году стал председателем Госкомитета РСФСР по ЧС в городе Москва.
С 1991 по 1994 возглавлял Госкомитет РФ по делам ГО, ЧС и ликвидации последствий стихийных бедствий.
В 1992 году получил пост замглавы временной администрации на территории Ингушетии и Северной Осетии в период осетино-ингушского конфликта.
В 1994 году назначен Министром РФ по делам ГО, ЧС и ликвидации последствий стихийных бедствий.
В 1996 году курирует избирательную кампанию Президента РФ в субъектах РФ.
В этом же году вошел в Совет Безопасности РФ.
С января по май 2000 года совмещает должности министра и зампредседателя Правительства РФ.
В 2001 году стал членом Морской коллегии при Правительстве РФ.
В мае 2003 года присвоено звание Генерал армии.
В ноябре 2009 года возглавил Русское географическое общество.
До конца июня 2011 года возглавлял совет директоров «НИС ГЛОНАСС».
12 мая 2012 года вступил в должность губернатора московской области.
6 ноября 2012 года генерал армии Сергей Кужугетович Шойгу назначен министром обороны Российской Федерации вместо отправленного в отставку Анатолия Сердюкова.
В мае 2024 года назначен секретарем Совбеза.
Кандидат экономических наук.
За свои труды награжден орденами «За заслуги перед Отечеством» II и III степеней, «Почета», «За личное мужество», медалями «Защитнику свободной России», «В память 850-летия города Москва», «В память 300-летия города Санкт-Петербург», «В память 1000-летия города Казань», Поощрениями Правительства и Президента РФ, Благодарностями Президента РФ, Благодарностью Правительства РФ, Почетной грамотой Правительства РФ, именным боевым короткоствольным ручным стрелковым оружием – 9 мм пистолетом ПЯ. Имеет ряд наград субъектов РФ, ведомственных, иностранных, церковных, общественных наград.
Является Героем РФ, Заслуженным спасателем РФ.
Женат, есть 2-е дочери.
Хобби: футбол, верховая езда.
В 1977 году закончил Красноярский политехнический институт.