По завершении учёбы в Уральском политехническом институте по специальности «промышленная теплоэнергетика» Попов стал партнёром в Урало-Сибирской торгово-промышленной компании.
В 1994 году выступил соучредителем компании «Продконтракт», занимавшейся поставками металлолома на крупнейшие металлургические заводы России. В 1996 году стал соучредителем промышленной и финансовой Группы МДМ.
В 1997—1999 годах был партнёром и коммерческим директором предприятия. В 2002 году Попов получил статус партнёра МДМ-Банка с долей участия 50 %.
В 2000 году стал соучредителем и председателем совета директоров Промышленной группы МДМ. Тогда же Попов разработал и реализовал стратегию развития группы в трёх отраслях промышленности: производство труб, удобрения и энергетического угля. В рамках стратегии в этих секторах были созданы крупные предприятия:
ОАО «ТМК» (один из ведущих производителей нефте- и газопроводов в мире);
«СУЭК» (крупнейшая угольно-энергетическая компания в России);
«ЕвроХим» (один из мировых лидеров в сфере производства минеральных удобрений).
Долгое время входил в советы директоров «ТМК», РАО ЕЭС, компаний «Еврохим» и «СУЭК», МДМ-Банка и других предприятий. В 2009 году МДМ-Банк объединился с «УРСА банком». Сделка стала крупнейшим на тот момент слиянием на российском банковском рынке.
В 2006 году была продана доля в ОАО «ТМК», «СУЭК» был продан в 2014 году, а в 2016 состоялась продажа МДМ банка.