Николай Бондарь родился 18 октября 1950 года в селе Голубовка, Украина. После получения аттестата о среднем образовании, молодой человек уехал в Ростов-на-Дону, где в 1973 году с отличием окончил юридический факультет Южного Федерального Университета. Позднее, защитив докторскую диссертацию получил ученую степень «доктор юридических наук».
С 1973 по 1975 год работал следователем военной прокуратуры Псковского гарнизона Ленинградского военного округа. Следующие три года обучался в аспирантуре Южного Федерального Университета. С 1978 года на протяжении девяти лет являлся преподавателем, старшим преподавателем, доцентом, заместителем декана юридического факультета ЮФУ.
В октябре 1987 года Николай Семенович занял должность заведующего кафедрой муниципального права и управления юридического факультета Южного Федерального Университета. С 1997 по 2000 год являлся директором института права и управления ЮФУ.
Бондарь Николай Семенович 16 февраля 2000 года назначен судьей Конституционного суда Российской Федерации.
Деятель юстиции выступает автором более 250 научных публикаций, включая монографии, учебники по конституционному, муниципальному праву, теории и практике развития правовой государственности. Член редакционных коллегий шести научных журналов. Совмещает работу в Конституционном Суда России с научно-преподавательской деятельностью.
Николай Семенович является заведующим кафедрой муниципального права и управления Южного Федерального Университета. Председатель диссертационного совета по юридическим наукам в ЮФУ, профессор кафедры государственного и административного права Санкт-Петербургского государственного университета. Член экспертного совета по праву Высшая аттестационная комиссия Минобрнауки России.
Бондарь Николай, 20 марта 2018 года получил награду Национальной премии по литературе в области права за монографию «Судебный конституционализм: доктрина и практика», в которой представлена получившая развитие авторская концепция судебного конституционализма, воплощающего режим обеспечения верховенства и судебно-правовой защиты Конституции РФ на основе баланса публичного и личного, экономической и политической власти в соотношении со свободой в демократическом правовом социальном государстве.