Выпускник МГТУ им. Н.Э. Баумана и Российской Академии Народного Хозяйства и Государственной Службы при Президенте РФ.
Свыше 20 лет работает на рынке информационных технологий, разработки ПО, а также программных решений для банков и финансовых учреждений, из них более десяти лет — в области процессинга безналичных платежей.
До прихода в сферу процессинга платежей работал в российских и иностранных ИТ-компаниях в области информационной безопасности, руководил развитием ряда продуктов, в том числе связанных с биометрической идентификацией.
В 2003 году, совместно с партнерами, создал и возглавил компанию Unitecsys — разработчика продуктов для банковской сферы и сферы самообслуживания.
В 2008 году создал и возглавил процессинговую компанию Uniteller, специализирующуюся на приеме и обработке электронных видов платежей в различных сферах деятельности коммерческих и государственных организаций. Помимо работы со всеми сферами бизнеса сервис компании Uniteller используется в проектах электронного правительства на порталах и в инфоматах (федеральные и государственные проекты) России, а также на портале и в инфоматах электронного правительства Республики Татарстан. Под руководством Алексея Богаткина компания разработала полный набор собственных сертифицированных решений для создания инфраструктуры приема безналичных платежей, вышла на международный уровень и начала работать в Казахстане, Киргизии, других странах СНГ, Евросоюза, а также Западной Африки.
В 2013 году Алексей Богаткин выступил инициатором введения термина в сфере безналичных платежей «Обезналичивание» (www.обезналичивание.рф).
По данным на апрель 2018 года, Алексей Богаткин — основатель и акционер ряда инновационных компаний в сфере ИТ, в том числе ИТ для госсектора. Является членом Экспертного совета по развитию интернет-экономики и интернет-технологий при Минкомсвязи России, член комиссии по Электронной коммерции РАЭК, активно выступает с общеотраслевых позиций.