Анастасия Бондаренко родилась 9 апреля 1978 года в городе Волгоград. Училась в Московском государственном университете имени М.В.Ломоносова по специальности «юриспруденция», который успешно окончила в 2000 году.
Трудовую деятельность Бондаренко начала в должности ведущего специалиста в Министерстве природных ресурсов и экологии Российской Федерации. Затем являлась старшим юрисконсультом геологического предприятия «Геосинтез». В 2003 году стала начальником отдела в Министерстве энергетики Российской Федерации.
Впоследствии с 2004 по 2008 год Анастасия Бондаренко находилась в должности начальника отдела Федерального агентства по энергетике. Затем являлась директором Юридического департамента Министерства энергетики Российской Федерации. В 2014 году включена в резерв управленческих кадров, находящихся под патронажем Президента России.
В феврале 2018 года Анастасия Борисовна назначена статс-секретарем - заместителем Министра энергетики Российской Федерации. Действительный государственный советник Российской Федерации 2 класса.