День и место рождения – 30 июня 1948 года в городе Меленки, Владимирская область. Отец – летчик пограничных войск, мать – бухгалтер.
Все детство Владимир Иванович провел в Эстонии – там служил его отец. Спустя некоторое время вся семья Якуниных переехала в Ленинград, где Владимир Иванович закончил школу.
В 1975 году был призван в ряды Советской Армии. В 1977 году был демобилизован.
Свою трудовую деятельность Владимир Иванович начал в Государственном институте прикладной химии в должности младшего научного сотрудника.
После демобилизации работал в Управлении Государственного комитета Совета Министров СССР по внешнеэкономическим связям в должности инженера, затем – старшего инженера. Трудился в Физико-техническом институте имени А.Ф.Иоффе АН СССР в должности начальника отдела.
Начиная с 1985 года, 6 лет провел на дипломатической работе – был 2-ым, а потом 1-ым секретарем Постоянного представительства СССР при ООН.
Проживая в городе Санкт-Петербург, Владимир Иванович в 90-е годы занимался инвестиционным бизнесом. Участвовал в создании КБ «Россия», входил в состав Совета директоров банка.
Являлся председателем совета директоров АОЗТ «Международный центр делового сотрудничества». Работал начальником Северо-Западной окружной инспекции Главного контрольного управления Президента РФ.
В ноябре 1996 года выступил одним из учредителей дачного кооператива «Озеро».
В октябре 2000 года назначен замминистром транспорта РФ.
В феврале 2002 года стал 1-ым замминистром путей сообщения.
В октябре 2003 года Владимира Ивановича избрали 1-ым вице-президентом ОАО «РЖД».
По распоряжению Правительства РФ от 14.06.2005 года В.Якунина назначили президентом ОАО «РЖД». В июне 2008 года и в июне 2011 года дважды был назначен президентом ОАО «РЖД».
В январе 2006 года стал Председателем Попечительского Совета и научным руководителем Центра проблемного анализа и государственно-управленческого проектирования при ООН РАН.
Является председателем Попечительского совета Центра национальной славы и Фонда Андрея Первозванного, благотворительного фонда соцпомощи детям «Расправь крылья!». Входит в состав попечительского совета фонда «Русский мир».
В конце 2010 года был назначен завкафедрой госполитики факультета политологии МГУ имени М.В. Ломоносова.
Владимир Иванович является президентом мирового общественного форума «Диалог цивилизаций». Владеет английским языком.
Доктор политических наук.
Является автором более 4-х научных трудов (монографий).
За свои труды награжден орденами «За заслуги перед Отечеством» IV степени, «Почета», «За заслуги перед Алтайским краем» I степени, «За заслуги перед Австрийской Республикой», «Данакер», «Дружба», медалями «За развитие ЖД», Павла Мельникова, «За содействие в обеспечении специальных программ», «90 лет транспортной милиции», знаком «Почетный железнодорожник ОАО «РЖД», Почетной грамотой Правительства РФ. Имеет ряд религиозных наград, ряд госнаград СССР. Является Великим офицером ордена «За заслуги перед Итальянской Республикой», Командором ордена Великого князя Литовского Гядиминаса.
Женат, есть 2 сына.
Хобби: охота, театр, езда на автомобиле.
В 1972 году закончил Ленинградский механический институт (ныне Балтийский государственный технический университет).
Учился в Краснознаменном институте разведки (ныне Академия внешней разведки).