Эмомали Рахмон родился 5 октября 1952 года в поселке Дангара республика Таджикистан. Окончив среднюю школу, устроился электриком маслозавода в городе Курган-Тюбе. С 1971 по 1974 год служил матросом на Тихоокеанском флоте, а демобилизовавшись вернулся на завод.
С 1976 по 1988 Эмомали являлся секретарем правления колхоза Дангаринского района Кулябской области, председателем профсоюзного комитета этого хозяйства, а также занимал должность в партийных органах. В 1982 году Рахмонов окончил экономический факультет Таджикского государственного университета. В июне 1988 года стал директором совхоза имени Ленина Дангаринского района. В 1992 году избрался депутатом Верховного Совета Таджикской Республики XII созыва, поэтому предыдущую должность пришлось оставить.
В июне 1992 года противники исламистов под руководством Сангака Сафарова подняли мятеж в Кулябе. Противостояние вылилось в межэтнический конфликт и гражданскую войну между Народным фронтом - сторонниками светского государства и Объединенной таджикской оппозицией: коалицией исламистов и демократов.
Осенью 1992 кулябские мятежники объединились в рамках Народного Фронта с представителями ходжентских кланов и получили поддержку Узбекистана и России, поскольку возможная исламизация Таджикистана грозила нарушением геополитического баланса и активизацией исламистов внутри самих этих стран. Народный фронт возглавил сподвижник Сафарова - Рахмонов. В декабре 1992 года его отряды без боя заняли столицу. Далее, Эмомали возглавил правительство, а исламисты вытеснены на восток страны и в соседний Афганистан.
Осенью 1992 года Рахмонов избран председателем Исполнительного комитета Совета народных депутатов Кулябской области, а в ноябре 1992 года на XVI сессии Верховного Совета Республики Таджикистан стал председателем Верховного Совета Республики Таджикистан.
Эмомали Рахмон 6 ноября 1994 года избран президентом Таджикистана в ходе всенародного голосования, а 16 ноября 1994 года приведен к присяге.
На фоне усиления власти талибов в Афганистане 27 июня 1997 года заключено перемирие между правительством Рахмонова и Объединенной таджикской оппозицией. Исламисты влились в государственные структуры, включая парламент и армию. В 1998 году Эмомали возглавил Народно‑демократическую партию Таджикистана. В ноябре 1999 года переизбран на пост президента Таджикистана на семилетний срок, в соответствии с изменениями, внесенными в конституцию страны по итогам референдума, прошедшего в сентябре того же года.
В июне 2003 года прошел очередной референдум по внесению изменений в конституцию Таджикистана, по итогам которого Эмомали Рахмон получил возможность еще дважды участвовать в президентских выборах. Также удалено положение, ограничивающее возраст кандидата в президенты. В ноябре 2006 года Рахмон выиграл очередные президентские выборы.
Позднее, Президент Таджикистана Эмомали Рахмон 4 октября 2013 года выдвинут кандидатом на пост главы государства от правящей Народно‑демократической партии. Уже 9 октября 2013 года официально зарегистрирован кандидатом на пост президента. За него подано более 220 тысяч подписей при норме 210 тысяч - 5% от числа электората страны. На очередных выборах 6 ноября того же года за Эмомали Рахмона проголосовали более 83% избирателей и 16 ноября 2013 года в четвертый раз принял присягу Президента Таджикистана.
Далее, 25 декабря 2015 года, после подписания Эмомали Рахмоном, вступил в силу Закон Республики Таджикистан «Об Основателе мира и национального единства - Лидере нации». Данный закон позволяет ему пожизненно занимать должность главы государства.
В конце февраля 2017 года в Душанбе прилетел Владимир Путин. Визит лидер Российской Федерации приурочил 25-й годовщине установления дипломатических отношений между странами. На встрече во Дворце нации президенты обсудили торгово-экономическое сотрудничество и подписали пакет совместных документов.
Эмомали Рахмон 24 июня 2020 года присутствовал на Красной площади, где прошел главный парад страны, посвященный 75 годовщине победы в Великой Отечественной войне. По традиции мероприятие должно было состояться 9 мая, но из-за пандемии коронавируса оно было перенесено на полтора месяца.