Александр Пономаренко родился 14 июля 1961 года в городе Джанкой Крымской области Украины.
Диплом о высшем образовании получил в Московском энергетическом институте, который окончил в 1984 году по специальности «промышленная теплоэнергетика» с присвоением квалификации «инженер‑промтеплоэнергетик».
С 1990 года начал трудовую деятельность в компании «Тепловые сети» (филиал ОАО «Мосэнерго»), где постепенно сменил ряд должностей: дежурный инженер, главный инженер и начальник 2‑го эксплуатационного района, заместитель директора по общим вопросам.
В 2005 году перешел на работу в ОАО «Московская теплосетевая компания», где работал на позициях заместителя директора по управлению активами, директором по перспективному развитию и техническим присоединениям, исполнительным директором ‑ первым заместителем генерального директора.
С 5 июня 2008 года занял кресло генерального директора ОАО "Московская теплосетевая компания", согласно коллективному решению совета директоров компании. В сферу его обязанностей входило управление активами, разработка проектов в сфере техприсоединения и перспективного развития.
При нем были разработаны современные энергосберегающие технологии и оборудование, внедренные в Москве, такие как прокладка трубопроводов в пенополиуретановой изоляции с системой контроля, надежная шаровая запорная и запорно-регулирующая арматура, неразрушающие методы диагностики трубопроводов.
В составе Координационного совета по вопросам взаимодействия Комплекса городского хозяйства города Москвы с системой саморегулируемых организаций в городском хозяйстве Москвы, внес практический вклад в их становление, в разработку новых подходов к осуществлению строительной и проектной деятельности, а также в области энергосбережения и энергоаудита.
13 сентября 2012 года Александр Михайлович Пономаренко был назначен генеральным директором МГУП «Мосводоканал» в соответствии с приказом Правительства Москвы № 548-РП. На этом посту он сменил Станислава Владимировича Храменкова, который ушел на пенсию.
За заслуги в развитии городского хозяйства Александр Михайлович Пономаренко удостоен высшей российской общественной награды - знака ордена святого Александра Невского «За труды и Отечество». Является почетным энергетиком столицы и Минэнергетики России.