Кирилл Серебренников родился 7 сентября 1969 года в городе Ростов-на-Дону. Мать мальчика работала преподавателем русского языка и литературы в школе, отец, известный хирург. Дед Александр Иванович Литвин являлся режиссером-документалист, один из основателей студии «Молдова-фильм», ученик Александра Довженко и Сергея Эйзенштейна. Свой первый спектакль о ткачихе-инвалиде, девушке без обеих рук Кирилл поставил на школьной сцене.
В 1987 году Кирилл отправился поступать на режиссерский факультет в Москву. Но руководитель курса Анатолий Васильев отказал ему категорически, потому что Серебренникову в то время исполнилось лишь семнадцать лет. В данной ситуации молодой человек решил поступить на физический факультет Ростовского государственного университета, который окончил с «красным» дипломом. В университете Серебренников организовал студенческий театр, ставил спектакли как режиссер и понял, что получает удовольствие не от физики, а от творчества.
Свой дебютный спектакль в профессиональном театре режиссер Серебренников поставил в театре «Ангажемент» в 1990 году. С этим театром сотрудничал пять лет. Его постановки воспринимали неоднозначно. Через пять лет его «Маленькие трагедии» на сцене Ростовского драматического театра местные корифеи раскритиковали, не оставив камня на камне. Прошло время, и многие изменили свое мнение: гордятся, что когда-то работали с Серебренниковым. Его постановки неоднократно признавались лучшими спектаклями сезонов и получали призы на Всероссийских Фестивалях.
Вскоре режиссеру стало тесно в родном городе и мастер решается на переезд в Москву, где его никто не знает. Два года после переезда Серебренников работал на телевидении. Старт его карьере в столице дал спектакль «Пластилин», который поставил в Центре драматургии и режиссуры Рощина и Казанцева. Пьесу никто из режиссеров ставить не хотел: шесть претендентов заявили, что работать не с чем.
Кирилл рисковал, потому что автора «Пластилина» никто в Москве не знал, новая русская драма находилась не в моде. Спектакль полгода не принимали, журналисты разносили его в прессе, зрители уходили, не досмотрев до конца. Но в какой-то момент все изменилось, и народ повалил в театр, сменили гнев на милость и критики. Сегодня «Пластилин» называют культовой постановкой, общественным прорывом.
С возрастающим интересом к спектаклю росло и признание Серебренникова. Олег Табаков пригласил его в свой театр, где режиссер поставил спектакли «Терроризм», «Мещане», «Изображая жертву», «Трехгрошовую оперу». Далее Кирилл Семенович стал художественным руководителем Гоголь-центра, а вскоре возглавил этот театр. На сцене Гоголь-центра шли его спектакли «Мертвые души», «Идиоты», «Обыкновенная история».
Серебренников известен также как и кинорежиссер. За один 1998 год режиссер представил сразу три полнометражных картины: «Раздетые», «Ласточка» и «Тайны грозы». Позднее зрители увидели еще четыре проекта Серебренникова, среди которых кинолента «Изображая жертву». На фестивалях «Кинотавр» и «Festa del Cinema» этот фильм получил главные призы. Еще одна заметная работа: фильм «Измена», в котором снимались актеры из Германии и Македонии.
В 2008 году Кирилл Серебренников снял картину «Юрьев день», которая собрала урожай призов на западных кинофестивалях, но не получила ни одной местной кинопремии. В России почти не говорили об этом проекте, пока режиссера не пригласили на скандальное шоу «Закрытый показ». В этом же году Кирилл набрал экспериментальный актерско-режиссерский курс в Школе-студии МХАТ. Из этого курса к выпускному 2012 году сформирована «Седьмая студия», позже ставшая одним из резидентов «Гоголь-центра».
До 2014 года Кирилл являлся художественным руководителем проекта «Платформа» в Центре современного искусства «Винзавод». В октябре 2014 года выступил режиссером-постановщиком празднования двадцатипятилетия медиахолдинга «СТС Медиа» в Большом концертном зале «Академический» Российской академии наук.
В конце мая 2017 года правоохранительные органы провели обыски в квартире Кирилла Серебренникова и в театре «Гоголь-центр» в рамках дела о хищении. Было возбуждено дело по статье «Хищение в особо крупном размере», назывался ущерб на сумму более 200 млн рублей. Сначала Серебренников проходил по делу свидетелем. Следственный комитет России в рамках расследования уголовного дела забрал у Серебренникова загранпаспорт «для проведения экспертизы». Таким образом, режиссер лишился возможности выезжать за пределы России для работы над зарубежными проектами.
Далее, в августе того же года Басманный районный суд города Москвы поместил режиссера под домашний арест сроком до 19 октября 2017 года. Далее срок продлевался. Окончательно Кирилл Семенович вышел на свободу 8 апреля 2019 года.
Большой театр стал первым местом, где 16 апреля 2019 года Кирилл Серебренников появился на публике после более чем полутора лет домашнего ареста. Режиссер дважды поднимался на сцену Большого театра. Сначала его балет «Нуреев» получил «Золотую маску» в номинации «Лучший спектакль в балете», а затем наградили второй «Золотой маской», как лучшего театрального режиссера за спектакль «Маленькие трагедии» в «Гоголь-центре».
В Московской государственной консерватории имени Чайковского 10 сентября 2019 года состоялась 17-я ежегодная торжественная церемония вручения премии журнала GQ «Человек года». Главную номинацию GQ «Человек года - 2019» получил режиссер Кирилл Серебренников. Несмотря на полтора года домашнего ареста, режиссер смог выпустить фильм «Лето», отмеченный в Каннах, поставил две оперы: Cosi fan tutte в Цюрихе и Nabucco в Гамбурге, балет «Нуреев» в Большом театре и два спектакля в «Гоголь-центре», где его все это время ждали.
В московском отеле «Балчуг-Кемпински» 17 октября 2019 года объявили лауреатов XXIV международной театральной премии Станиславского. Постановка Кирилла Серебренникова «Барокко» завоевала почетный приз, за что премию получил весь «Гоголь-центр».