Родился в семье режиссёра-документалиста Ефима Учителя.
Работал на Ленинградской студии документальных фильмов.
В 1990 году основал свою киностудию «Рок». Дебютом в качестве режиссёра игровых фильмов для Учителя стал фильм «Мания Жизели».
В 2000 году он получил премию «Ника», Гран-при «Кинотавра» и номинацию на «Хрустальный глобус» за фильм «Дневник его жены». В 2002 году Алексей Учитель стал народным артистом России.
Фильм 2005 года «Космос как предчувствие» получил главный приз XXVII ММКФ — «Золотого Святого Георгия» и премию «Золотой орёл» за лучшую режиссёрскую работу.
С 2010 года — президент Международного Кинофестиваля документального, короткометражного игрового и анимационного кино «Послание к Человеку» («Message to Man») в Санкт-Петербурге.
Алексей Учитель является членом Президиума Российской Академии кинематографических искусств «Ника».
В 1975 году окончил ВГИК