Виталий Кищенко родился 25 мая 1964 года в Красноярске.
В 1985 году окончил Красноярский государственный институт искусств (курс Г. Оганесяна, М. Когана).
Работал в Красноярском государственном театре юного зрителя, Калининградском областном драматическом театре и Омском государственном академическом театре драмы.
С 1989 года — актёр Калининградского областного театра юного зрителя «Молодёжный» (фирменное наименование — «Тильзит-театр») в городе Советске Калининградской области.
С 2003 года начал активно сниматься в кино, сыграв около тридцати ролей, в том числе главных — в картинах «Отрыв», «Жила-была одна баба», «Мишень», «Аттракцион», «Башня», «Палач» и др.
21 апреля 2005 года Указом Президента Российской Федерации В. В. Путина Виталию Кищенко присвоено почётное звание «Заслуженный артист Российской Федерации» «за заслуги в области искусства».
С 2011 года — приглашённый актёр Российского академического театра драмы имени Ф. Волкова (г. Ярославль).
С 2012 года — приглашённый актёр Театра имени Моссовета (г. Москва).
С 4 апреля 2014 года Виталий Кищенко играет роль Марка в спектакле «Пьяные» режиссёра Виктора Рыжакова по одноимённой пьесе Ивана Вырыпаева на сцене МХТ имени А. П. Чехова.