Кирилл Пирогов родился 4 сентября 1973 года в городе Тегеран, Иран. Отец мальчика работал в сфере внешней торговли, занимаясь экспортом и импортом тяжелой дорожной и строительной техники. Мать являлась преподавателем русского языка. Парень оказался всесторонне развит: посещал английскую школу, благодаря чему свободно владел английским и французским языком, занимался в секции фехтования, окончил музыкальную школу, ходил в театральную студию под руководством Сергея Казарновского.
Родители хотели, чтобы их сын учился в университете. Однако молодой человек повзрослев принял решение стать актером, чтобы иметь возможность заниматься любимым делом. Баллов при поступлении будущему актеру не хватало, однако набирающий курс Владимир Иванов очень хотел, чтобы Кирилл обучался у него. Так, Пирогов стал студентом московского Высшего театрального училища имени Бориса Васильевича Щукина.
На последнем курсе Пирогов попал в спектакль «Шум и ярость», который совместно ставили студенты ГИТИСа и Щепкинского училища. После этого произошел случай, который многих удивил. Кирилл получил приглашение в «Мастерскую Петра Фоменко». Это стало впервые, когда выпускник Щукинского училища попал в труппу к Петру Фоменко.
Актер с удовольствием играет совершенно разноплановые роли, благодаря которым может проявить свой талант. В постановке «Волки и овцы» молодым актером сыгран негодяй Клавдий Городецкий, а в «Войне и мире» точно передал абсолютно иной характер, появившись в роли дворянина Николая Ростова. Кирилл принимал участие в спектакле «Безумный из Шайо» и в спектакле «Месяц в деревне».
С дебютной ролью в кино Пирогову повезло, снявшись в 1995 году сразу в главной роли у Георгий Данелия. На пробах у него оказался сто процентный провал. Однако Данелия пригласил именно его. Актеру удалось передать образ героя-идеалиста Олега, который будто случайно попал в наше время. Фильм назывался «Орел и решка».
В течение следующих пяти лет актера не приглашали ни в одну картину. А затем оказался среди звездной команды актеров, снимающихся у Алексея Балабанова в культовом фильме «Брат 2». Режиссеру понравилось «подвижное» лицо Кирилла, предложив сняться в своей картине. Затем последовало приглашение в киноленту «Сестры», где Сергей Бодров доверил актеру одну из отрицательных ролей. Негодяй сыгран Кириллом очень достоверно. Далее, значимую сыграл у Кирилла Серебренникова в кинофильме «Ростов-папа, или Южный Декамерон».
Важной ролью для артиста стал злодей-убийца, сыгранный им в «Дневнике Убийцы» у Кирилла Серебренникова. Кирилл Альфредович сумел в образе злодея показать живого человека, который попал по воле случая в ужасную жизненную ситуацию, после которой практически перестал жить.
Кирилл Альфредович Пирогов реализовал себя и в качестве композитора, написав музыку для нескольких фильмов: «Питер FM», «Откровения», «Раскоп». Актер считает, что роли, о которой мечтает не существует и все роли приходят сами. Кирилл принял участие в съемках сериала «Доктор Живаго». Это не точная интерпретация романа Бориса Пастернака. Сценарист Юрий Арабов ушел от романа, но сумел передать суть. Актер появился в роли Гордона, сумел блестяще сыграть этот образ. Далее, множество картин, снятых с участием знаменитого актера, такие как «Адмирал», «Поклонница», «Триптих», телесериал «Откровения».
В 2016 году новой картиной с участием талантливого актера стал триллер «Разбуди меня». Актер исполнил второстепенную роль Стаса. Мистическая драма рассказывает о девушке, у которой на фоне стресса пробудился дар вещих снов. Используя собственные предсказания, главная героиня вливается в преступный мир современной Москвы.
В следующем, 2017 году Кирилл Пирогов сыграл роль Ивана Ильина в биографическом сериале «Троцкий». Киногерой: реальный человек, российский философ и писатель, сторонник Белого движения и критик коммунизма.
В 2018 году актер появился в главной роли в детективном триллере «Территория», который начинается с ряда жестоких и кровавых убийств, произошедших в провинциальном городке. Причем жертвами неуловимого убийцы один за другим становятся три следователя, которые пытались поймать преступника. Для того, чтобы наконец-то раскрыть это дело, в помощь местной полиции присылают московского следователя.