Виктор Иванович Ишаев родился 16 апреля 1948 года в селе Сергеевка Анжеро-Судженского района Кемеровской области.
Трудовую деятельность начал в 1964 году на Хабаровском судостроительном заводе, где прошел путь от судосборщика до заместителя директора завода.
С 1971 по 1973 год служил в рядах советской армии.
С 1988 по 1990 год - директор Хабаровского завода алюминиевых конструкций им. Е.М. Сидоренко.
С 1990 по 1991 год - первый заместитель председателя хабаровского краевого исполнительного комитета - начальник главного планово-экономического управления.
В октябре 1991 года указом президента Российской Федерации назначен главой администрации Хабаровского края, 8 декабря 1996 года избран главой администрации Хабаровского края. В 2000 и 2004 годах переизбирался на пост губернатора Хабаровского края.
В июле 2007 года наделен полномочиями губернатора Хабаровского края.
В апреле 2009 года назначен полномочным представителем президента РФ в Дальневосточном федеральном округе.
21 мая 2012 года назначен министром по развитию Дальнего Востока в правительстве Дмитрия Медведева, полномочным представителем президента в Дальневосточном федеральном округе.
Действительный член Российской академии наук (академик), доктор экономических наук, профессор. Председатель Российского национального комитета по Тихоокеанскому экономическому сотрудничеству.
Действительный член ряда российских и международных академий.
Соавтор федеральной целевой программы социально-экономического развития Дальнего Востока и Забайкалья на период 2005-2010 годов, руководитель рабочей группы по разработке "Концепции стратегического развития России на период до 2010 года".
Награжден орденами "За заслуги перед отечеством" IV , III и II степеней, орденом Почета, орденом "Трудовая слава" III степени, многими медалями, а также орденами Русской православной церкви.
Женат, есть сын и дочь.