Владимир Афонский родился 10 октября 1966 года в поселке Косая Гора, Тульская область. Окончив школу № 65, до 1986 года проходил службу в рядах вооруженных сил в должности стрелкового снайпера Гвардейской Таманской дивизии. Демобилизовавшись, окончил Тульский государственный педагогический институт имени Льва Толстого.
С 1980 года на протяжении десяти лет увлекался футболом и играл за команды из Тулы, Болохова и Косой Горы в первенстве Тульской области по футболу. С 1989 по 1998 год преподавал в ТГПИ на кафедрах педагогики, социальной педагогики и социальной работы, спортивных дисциплин. Далее, с 1999 по 2004 года Афонский являлся тренером, директором, а затем генеральным директором тульского футбольного клуба «Арсенал».
Далее, в течении года Владимир Игорьевич руководил региональным исполнительным комитетом Тульского отделения Всероссийской политической партии «Единая Россия». В октябре 2004 года избран депутатом Тульской областной думы IV созыва от партии «Единая Россия». С 2005 года на протяжении четырех лет занимал должности председателя комиссии областного парламента по вопросам средств массовой информации и информационному обеспечению и комитета по социальному законодательству и охране здоровья населения.
В этот период, Афонский в Тульском государственном педагогическом университете защитил диссертацию на тему: «Организация и содержание тренировочного процесса на этапах годичного цикла подготовки квалифицированных футболистов», получив ученую степень «кандидат педагогических наук». Также, окончил Всероссийский заочный финансово-экономический институт и получил диплом Российской академии государственной службы при Президенте России.
В 2006 году Владимир Афонский возглавил Тульское региональное отделение Всероссийской общественной организации «Всероссийский совет местного самоуправления». Входил в состав комитета ВСМС по оперативным вопросам. Через два года назначен руководителем региональной общественной приемной председателя партии «Единая Россия» Владимира Путина.
В октябре 2009 года Афонский Владимир Игорьевич избран депутатом регионального парламента Тульской области V созыва. Занимал должность заместителя председателя комитета Тульской областной думы по бюджету и налогам. В декабре 2011 года избран депутатом Государственной Думы VI созыва по списку «Единой России». Входил в одноименную фракцию. С декабря 2011 года входил в комитет ГД по транспорту, а с января 2012 года выступал заместителем председателя комитета по вопросам собственности.
С 2012 года являлся депутатом Парламентского собрания Союза Беларуси и России. С 2016 года занимал пост заместителя председателя комиссии Союза по информационной политике.
На выборах 18 сентября 2016 года Афонский Владимир Игорьевич избран Депутатом Государственной Думы VII созыва от избирательного округа 0184, Новомосковский - Тульская область. Член фракции «Единая Россия». Член комитета ГД по транспорту и строительству. Дата начала полномочий: 18 сентября 2016 года.
В декабре 2016 года Афонский избран заместителем руководителя экспертно-консультативного совета по совершенствованию законодательства в сфере физической культуры, спорта и развития внутреннего туризма.
С 2011 по 2019 год, в течение исполнения полномочий депутата Государственной Думы Федерального Собрания России VI и VII созывов, выступил соавтором 195 законодательных инициатив и поправок к проектам федеральных законов.
Женат, имеет ребенка.