Что такое SNP

Наследственный материал кодируется посредством генетического кода. Последний универсален для всего живого, но в то же время отличается последовательностью нуклеотидов. Именно это делает нас разными. Каждый человек отличается от другого всего на 0,1%, т.е. из 1000 нуклеотидов только один обеспечивает разнообразие. Для обозначения «отличающихся» участков была предложена аббревиатура SNP.

SNP (Single nucleotide polymorphism) – это изменение одного нуклеотида (A, T, G илиC) в определенной точке молекулы ДНК.

Виды полиморфизмов

Сочетание нескольких полиморфизмов обеспечивает способность организмов приобретать признаки, отличные от родительских.

По влиянию на жизнь и здоровье выделяют полиморфизмы:

• Нейтральные – безвредные, не оказывают никакого влияния.
• Полезные – дают некоторые преимущества. Например, пациенты с серповидно-клеточной анемией не болеют малярией.
• Патологические – негативно сказываются на здоровье и качестве жизни. Кроме того, полиморфизмы могут быть гомозиготными и гетерозиготными.

Оценка полиморфизмов

Оценка полиморфизмов позволяет «просмотреть» многие показатели гомеостаза и не только:

• систему детоксикации (I и II фазы);
• фолатно-метиониновый цикл;
• непереносимости;
• обмен нейротрансмиттеров;
• предрасположенности;
• состояние митохондрий;
• иммунологический профиль;
• «работающие» формы препаратов;
• особенности стиля питания

Наиболее распространенные панели SNP:

23 andme

• Слюна
• Большее количество SNP
• Возможность получить «сырые» данные
• Дешевле

Яско

• Кровь
• Меньшее количество SNP
• Нельзя получить «сырые» данные
• Дороже

Для полноценной оценки полученных результатов не обойтись без специализированных баз данных:

• SNPedia (к 14 сентября 2017 г. в базе данных содержалось 107125 SNP);
• dbSNP (к 2010 г. более 184 млн последователей);
• GWAS Central
• International HapMap Project (ресурс для выявления генетической
• изменчивости, влияющей на здоровье, факторы окружающей среды);
• MirSNP (SNP, регулирующие связывание микроРНК).

SNP оценивается следующим образом:

• MTHFR 677 CC – гомозигота (норма)
• MTHFR 677 CT – гетерозигота
• MTHFR 677 ТТ – гомозигота (патология)

Детоксикация

На основе полученных данных расписывается план необходимых обследований. В качестве примера можно рассмотреть нарушение процессов детоксикации.

Детоксикация протекает в три этапа:

I. активация (гидроксилирование в печени);

II. детоксикация (конъюгация и синтез);

III. выведение.

На каждом из этих этапов «включаются» определенные группы ферментов. Когда это происходит в недостаточной или, наоборот, избыточной степени, возникает проблема –происходит «обвал» фаз детоксикации. В результате одни вещества накапливаются, а другие недостаточно синтезируются.

Помимо неправильной работы ферментов, «разлад» может быть спровоцирован употреблением определенных веществ. Так, индукторами первой фазы детоксикации служат стероиды, высокобелковая диета, жареное мясо. Для второй фазы это – глутатион, селен и альфа-липоевая кислота. Зачастую, если и нужно применять такие вещества, то в малых дозах, чтобы не декомпенсировать одну из фаз.

Индукторы детоксикации

I фаза

• фенобарбитал, стероиды, сульфаниламиды, никотин, алкоголь
• высокобелковая диета, все виды капусты, жареное мясо
• токсины: выхлопные газы, пары краски, диоксиды, пестициды
• зеленый чай, мёд (CYP3A4)
• брюссельская капуста, редис, редька, зеленый чай, гинкго билоба (CYP1A2, CYP1A1)
• чеснок, гинкго билоба (CYP2D6)
• имбирь (CYP2C19)

II фаза

• глутатион (легочная ткань – главный детоксикатор), В6, NAC, глицин, SAMe, холин, куркумин, метионин, бетаин, В9, В12, В5, молибден, таурин, рыбий жир
• укроп, тмин, все виды капусты, куркума
• кофе и чай (GST)
• селен + Е, альфа-липоевая кислота – выведение ртути
• кальций – выведение свинца
• селен – кадмий, ртуть, мышьяк

Фолатно-метиониновый цикл

Тот или иной полиморфизм в системе фолатно-метионинового цикла приводит к абсолютно разным биохимическим последствиям. С помощью панелей SNP можно предвидеть неблагоприятное «последствие» и предпринять ряд действий по активации либо ингибированию «поломанного» фермента. В каждом конкретном случае схема коррекции подбирается индивидуально с учетом сопутствующих заболеваний и синдромов.

• SHMT – В6, серин
• MTR – В12, В9, литий, экстракт виноградных косточек
• MTRR – В12, В9; плохо переносятся витамин Д3 и DMG
• MTHFR – 677 В2, В6, В9
• MTHFR – 1298 В9, В12, В2, юкка, гепа-мерц (орнитин), стимол (цитруллин), бурбур-пинелла, альфа-кетоглутарат
• MTHFD – В9 (метильная форма), нуклеотиды
• MTHFS – В9 (метильная форма; нельзя в виде folinic)
• ВНМТ – TMG (бетаин)
• SUOX – сорбенты, юкка, ограничить серные продукты и препараты; молибден, магний, В12, марганец

Взаимосвязь других полиморфизмов с различными веществами

Также по полиморфизмам можно определить, есть ли непереносимость к глютену или лактозе, оценить риск ожирения. В подобных случаях коррекция питания дает хорошие результаты вплоть до полного выздоровления.

Что касается митохондриального пула, то панель SNP может быть рекомендована в случае повышенного содержания лактата в крови на фоне ярких клинических симптомов – хронической усталости, повышенной утомляемости, непереносимости физических нагрузок. В такой ситуации панель полиморфизмов поможет выявить проблемный участок. От локализации последнего зависит, когда и какие энерготропные препараты применять для достижения наилучшего эффекта.

Отдельно стоит сказать про панели витаминов, макро- и микроэлементов. Эта информация помогает оценить риск дефицитных состояний, а также подобрать подходящую форму нутриентов для их восполнения.

Не менее важное значение имеет панель физической активности. Она помогает выявить возможные риски для сердечно-сосудистой системы, степень адаптации к физическим нагрузкам и другие параметры.

Оценка иммунологического профиля выявляет:

• фагоцитоз;
• частые инфекции дыхательных путей;
• низкую защиту кожных покровов и слизистых оболочек;
• предрасположенность к аллергическим и аутоиммунным заболеваниям;
• риск атопии;
• цитокины и интерфероны.

Митохондрии и SNP

• Карнитин – PEX5L, SLC22A4, SLC16A9
• I комплекс дыхательной цепи – NDUFS
• II комплекс дыхательной цепи – UQCRC2
• Окисление жирных кислот – PPARα, CYP4V2
• IV комплекс дыхательной цепи – COX5A
• Превращение неактивного коэнзима в активный убихинол – NQO1
• Антиоксидантная защита – SOD3
• Синтез АТФ в митохондриях – ATP5c1
• Конверсия альфа-кетоглутарата в сукцинил-СоА (+ усиление активности mTOR и угнетение аутофагии) – OGDH
• COX5A – цитохром С
• PPARα, CYP4V2 – ограничить жиры с длинной углеродной цепью; масло МСТ (или кокосовое), L-карнитин
• NQO1 – убихинол, В2
• SOD2,3 – А, С, Е, NAC, марганец, пикногенол, астаксантин; высокая вероятность плохой переносимости рыбьего жира и омеги-3
• ATP5c1 – В2, В3, NADH
• NDUF – коэнзим Q10
• FMO3 триметиламинурия (кофактор В2)

Витамины и SNP

• E – ZPR1, CYP4F2, SCARB1, GSTP1
• А – ВСМО (не усваивается из растительных источников), FFAR4, ВСКО (нарушено превращение бета-каротина в ретинол; цинк)
• В6 – ALPL (страдает трансмембранная щелочная фосфатаза, не показан Р-5-Р), NBPF3, PHOSPHO2, PDXP, PNPO, PDXK (страдает биотрансформация неактивного В6)
• В12 – TCN2, CD320, ABCD4, MMAA, ММАВ, FUT2, CUBN (страдает всасывание в кишечнике), CLYBL, MUT, TRDMT1, MTR, MTRR, ММАСНС (нарушение трансформации в активные формы)
• В9 – MTR, MTRR, SLC19A1 (внутриклеточный транспорт фолатов)
• К1 – VKORC1, CYP4F2 (нарушение превращения К1 в К2)
• Д – VDR, CYP27B1 и CYP2R1 (синтез активной формы; В2), GC (переносчик витамина Д)
• В1 – ATP8A2, SLC19A2/SLC19A3 (переносчик тиамина), PDHA1 (тиаминзависимая молочнокислая ацидемия), BCKDHB, DBT, DLD (тиаминзависимый лейциноз)
• С – SLC23A1,2 (транспорт)
• В2 – FMO3 (триметиламинурия)

Физическая активность и гены

• ADRB3 Выносливость миокарда при физической нагрузке; для липолиза нужно превалирование кардиотренировок
• UCP2 Обеспечение мышц энергией во время физической нагрузки
• HIF1A Адаптация к силовым нагрузкам
• SLC30A8, SOD2 Восстановление после физических нагрузок
• AMPD1 Скорость истощения запасов АТФ при занятиях спортом
• FTO, APOE Физические нагрузки приводят к снижению ЛПНП

Питание и SNP

• Глютен PTPN2, DQ2.5, RGS1, IL18RAP, HLA-DQ8, HLA-DQ2.2, HLA-DRA1, MROH3P, FAM213B, TAGAP, BACH2, ATXN2, PUS10, PLEK
• Лактоза MCM6 (LCT)
• Омега-6 MYRF, FADS 1, PDXDC1, NTAN1, LOC102724985, JMJD1C
• Омега-3 ELOVL2, ELOVL2-AS1, FADS1, GCKR
• Кофеин CYP1A2
• Триглицериды R3HDM2, CTF1, PINX1, GCKR
• Мононенасыщенные жиры PPARG
• Чувство насыщения FTO, MC4R
• Тяга к употреблению сладкого SLC2A2, GLUT2
• Нельзя низкоуглеводную и кетодиету UGT1
• Пристрастие к солёному CREB1, GABRA2

Ожирение и SNP

• FAPB2 усиливает на 25% всасывание насыщенных жиров в тонком кишечнике; снизить насыщенные жиры в рационе; увеличить квоты мононенасыщенных жиров
• РPARG рост адипоцитов
• ADIPOQ снижен синтез адипонектина (нарушение расщепления жиров, инсулинорезистентность); магний, экстракт бергамота, наттокиназа
• CD36, SLC6A2 пристрастие к жирной пище
• ADRB2 нарушен распад гликогена; низкоуглеводная диета
• GLUT2 низкоуглеводная диета
• G6PC2 низколипидное питание, хром, ванадий
• FTO чувство насыщения через 20-30 минут, не переедать и выждать время
• MC4R нельзя допускать длительные перерывы в еде
• DRD2 экстернальное переедание
• LEP предрасположенность к дефициту лептина

Предрасположенности и SNP

• Желчнокаменная болезнь CYP7A1, FUT2, ABC1, ADCB4, CCK-1R, ATB7B, ATP8B1, ABCB11, ABCB4
• Болезнь Альцгеймера ЕРНА1, SORL1, BIN1
• Ревматоидный артрит ARID5B, PTPN2, ZNF774, PRKCH
• Атопический дерматит C11orf30, MICA, TNXB, C6orf48, IL13
• Бронхиальная астма LRRC32, TLR1, TSLP, CLEC16A, IL7R, GSDMB
• Болезнь Крона JAZF1, LINC00824, PHTF1, HLA-C, TAGAP, FUT2, KSR1, IL10, NCF4
• Гипертоническая болезнь PLCE1, JAG1, CAPZA1, GUCY1A3, TBX5-TBX3, SLC4A7, APOM, CNNM2, C10orf107, SLC39A8, ADD1 (соль-зависимая)
• Подагра SLC2A9, OVOL1, BAZ1B, UBE2Q2, RREB1, INHBB, ATXN2
• Инсулинорезистентность TCF7L2, MTNR1B, PROX1, C2CD4A, COBLL1, HMG20A, ANKRD55, GCKR, ADCY5, BCAR1
• Остеопороз STARD3NL, SOST, SPTBN1, C17orf53, RPS6KA5, FAM210A, CTNNB1
• Ожирение FAIM2, FTO, GNPDA2, ZZZ3, HS6ST3, BDNF, GIPR, MRPS33P4, LOC144233, DGKG

Обобщая отличия в отдельных генах, можно выявить и скорректировать практически любое состояние. Это возможно благодаря триединству диагностических признаков – SNP, клинических проявлений и показателей биологических жидкостей.