Михаил Николаевич Матвеев родился 13 мая 1968 года в Днепропетровске, в семье советской интеллигенции. Мать — школьная учительница, отец — учёный-биолог. В 1972 году семья Матвеевых переехала в город Куйбышев, где, после открытия университета, его отец Матвеев Николай Михайлович стал заведующим кафедрой ботаники.
В 1985 году окончил школу № 41 города Куйбышева и поступил в Куйбышевский государственный университет на исторический факультет, но по окончании первого курса был призван в Вооружённые силы СССР (студенты большинства вузов в те годы были лишены отсрочки). Срочную службу проходил на Краснознамённом Черноморском Флоте в звании матроса; в 1988 году продолжил учёбу в университете и в 1992 году получил диплом историка с отличием, в 1995 году окончил аспирантуру, успешно защитил кандидатскую диссертацию.
В начале 1990-х годов занимался научной и журналистской деятельностью. В 1995—1999 гг. — заместитель главного редактора газеты «Самарское обозрение», в 1999—2003 годах — главный редактор газеты «Самарский курьер».
В марте 2004 избран депутатом Самарской городской думы по одномандатному округу. С 2007 по 2021 год депутат Самарской Губернской Думы от КПРФ, заместитель председателя, затем- председатель комитета по местному самоуправлению. Параллельно с депутатской продолжал научную деятельность. С 2008 по 2019 год был профессором кафедры истории государства и права Самарской государственной областной академии (Наяновой), с 2019 года профессор кафедры российской истории Самарского университета, где ведёт курс «Истории местного самоуправления России».
В 2002 году Матвеев создал и возглавил «Самарский союз народного самоуправления» — городскую общественную организацию развития самоуправления и защиты прав населения (в 2008 году реорганизована в Самарское региональное общественное Движение «Союз народного самоуправления — Блок Михаила Матвеева»).
В 2004 году избран депутатом Самарской городской думы по Октябрьскому округу № 8.
В 2004—2006 годах — председатель Контрольного комитета городской Думы, член комитета по местному самоуправлению, комитета по экономике.
На выборах мэра Самары в 2006 год в качестве независимого кандидата занял 4 место с 14 % (около 50 тыс. голосов).
11 марта 2007 года избран депутатом Самарской Губернской Думы четвёртого созыва по Октябрьскому избирательному округу № 4.
С мая 2010 года — беспартийный член фракции КПРФ в Самарской Губернской Думе, с декабря 2017 года- член КПРФ.
4 декабря 2011 года избран депутатом Самарской Губернской Думы пятого созыва по Октябрьскому избирательному округу № 4 на новый срок.
В сентябре 2016 года избран депутатом Самарской Губернской Думы шестого созыва от партии КПРФ.
В 2014 году участвовал в выборах Губернатора Самарской области в качестве кандидата от КПРФ, заняв второе место.
С 2018 года — председатель комитета по местному самоуправлению, член комитета по ЖКХ, ТЭК и охране окружающей среды Самарской Губернской Думы шестого созыва.
В сентябре 2021 года избран депутатом Государственной Думы VIII созыва, заместитель председателя комитета по региональной политике и местному самоуправлению.
Женат, жена — кандидат исторических наук, доцент, работает преподавателем, трое детей — сын и две дочери.