Сергей Иванец родился 15 сентября 1965 года в городе Москва. В 1988 году окончил Московский инженерно-физический институт по специальности «прикладная математика». Продолжил образование в очной аспирантуре этого же института. В результате защитил диссертацию на соискание ученой степени кандидата технических наук.
Трудовую деятельность Иванец начал во время учебы в должности стажера-исследователя Московского инженерно-физического института. В 1996 году перешел в Министерство иностранных дел Российской Федерации, в котором занимал пост второго секретаря Посольства РФ в США. Курировал вопросы научно-технического сотрудничества.
С 1999 года Сергей Иванец являлся главным специалистом Российского авиационно-космического агентства. В 2001 году вернулся в Министерство иностранных дел Российской Федерации на должность первого секретаря Посольства России в Аргентине.
С 2007 года Сергей Владимирович начал работу в Министерстве образования и науки Российской Федерации. Сначала являлся помощником министра, в сентябре 2008 года назначен директором департамента стратегии и перспективных проектов в образовании и науке. В июне 2010 года возглавил департамент международной интеграции Министерства образования и науки РФ.
Сергей Владимирович Иванец 16 декабря 2010 года назначен заместителем министра образования и науки Российской Федерации. На этом посту курировал Дальневосточный федеральный округ. В июне 2012 года освобожден с должности по собственному желанию и 2 июля стал ректором Дальневосточного федерального университета.
В ночь на 20 марта 2016 года Иванец задержан правоохранительными органами Приморского края и помещен под домашний арест. Причиной задержания стало злоупотребление служебными полномочиями. По приказу Министерства образование и науки РФ 24 марта освобожден от должности ректора Дальневосточного федерального университета.
В Тихоокеанском Флотском военном суде 21 декабря 2017 года проведено закрытое слушание по делу Сергея Иванца. Защита подала жалобу на одно из принятых постановлений, в связи с которым слушания отложены на неопределенный срок до рассмотрения жалобы в Верховном суде РФ. В марте 2018 года после трехмесячного перерыва суд возобновил судебное разбирательство, отказавшись от просьбы адвокатов подсудимых перевести дело в Московский окружной суд.