Евгения Чирикова родилась 12 ноября 1976 года в городе Москва. В 1994 году окончила литературный класс школы № 201 имени 3ои и Александра Космодемьянских и поступила в Московский авиационный институт. В 1999 году, во время учебы, начала работать инженером-программистом на Автозаводе имени Ленинского комсомола АЗЛК.
В конце 1990 годов Евгения с мужем и детьми переехали из Москвы в Химки, чтобы, по собственным словам, будущие дети «дышали хорошим воздухом, потому что в Москве невозможно».
В 2000 году окончила два факультета МАИ - инженерный, по специальности «двигатели летательных аппаратов», и экономический. В том же году перешла консультантом в компанию «Инспро», затем возглавила отдел по внедрению систем автоматизации компании. В конце того же года стала руководителем проектов по автоматизации управленческого учета в холдинге «Разгуляй-Центр».
В 2002 году заняла должность руководителя проекта по созданию системы управления проектами развития холдинга ООО «Бизнес-Новация».
С 2004 года занимает должность исполнительного директора в компании ООО «ЭЗОП», специализирующейся на разработке «части проектной документации при строительстве и реконструкции атомных станций, подстанций высокого вольтажа от 110 киловольт до 750 киловольт, компрессорных станций и промышленных объектов», являясь ее совладельцем вместе с мужем - Михаилом Матвеевым. Позже, в связи с расширением бизнеса, открыла еще одну инженерно-проектную компанию - ООО «Элнар-Сервис».
В 2005 году окончила Академию народного хозяйства при правительстве РФ, получив степень магистра делового администрирования.
Летом 2006 года, во время семейной прогулки по Химкинскому лесу, обнаружила нанесенные на деревья метки. Заинтересовавшись, нашла в интернете постановление губернатора Подмосковья Бориса Громова о прокладке через лес новой дороги. Чирикова начала печатать объявления и привлекать общественность к проблеме, что позволило сформировать круг защитников Химкинского леса.
В 2008 году проходила свидетелем по уголовным делам о покушении в ноябре на главного редактора газеты «Химкинская правда» Михаила Бекетова, критиковавшего городскую и областную администрации. В том же году Чирикова упоминалась как активист народного движения «Экологическая оборона Московской области», а уже в 2009 году как его лидер.
После подписания в ноябре 2009 года председателем правительства РФ Владимиром Путиным распоряжения № 1642 о переводе земель Химкинского лесопарка в земли транспорта и промышленности, Чирикова обратилась с открытым письмом и видеообращением к президенту РФ Дмитрию Медведеву с требованием отправить возглавляемое Путиным правительство в отставку, признать недействительным его распоряжение и создать комиссию при президенте РФ «для урегулирования противоречий, связанных с реализацией проекта трассы Москва - Санкт-Петербург и ЦКАД».
В январе 2009 года Чирикова, после внесения собранного с помощью соратников залога в 150 тыс. руб., была зарегистрирована в качестве кандидата на выборах мэра Химок. Предпринималась попытка ее снятия с выборов, однако по решению областного избиркома она была восстановлена в списках кандидатов. Однако, проиграла выборы Владимиру Стрельченко, заявив о «множестве нарушений законодательства».
В 2009 году проходила свидетелем по уголовному делу об убийстве в январе адвоката Станислава Маркелова, выступавшего, в том числе, в качестве адвоката Бекетова по делу о клевете журналиста на главу администрации Химок Владимира Стрельченко. Опасаясь за свою жизнь, Чирикова обратилась в правоохранительные органы с просьбой предоставить ей охрану, однако в предоставлении охраны и участии в программе защиты свидетелей ей было отказано.
С 2009 года Чирикова в сообщениях СМИ фигурирует как лидер незарегистрированного «Движения в защиту Химкинского леса».
В 2010 году Евгения Чирикова подписала обращение российской оппозиции «Путин должен уйти», сделав комментарий: «Путин грубо нарушил и продолжает нарушать законодательство РФ - 172 ФЗ. Перевел земли Химкинского леса в земли транспорта».
В июле 2010 года началась вырубка деревьев в Химкинском лесу со стороны аэропорта «Шереметьево», после чего защитники разбили лагерь и начали установку баррикад, мешавших проходу техники, однако утром 23 июля на них напали неизвестные в масках, после чего активистов «Экообороны», в том числе Чирикову, задержал ОМОН, лагерь был разгромлен, а работы же по вырубке леса продолжены. . В 2010 году 20 июля активисты движения «Антифа» и анархисты забросали камнями и дымовыми шашками здание химкинской администрации, обстреляли мэрию из травматических пистолетов и исписали стены лозунгами «Спаси русский лес!».
Власти Химок, несмотря на заявления Чириковой о непричастности к акции, провели ряд мероприятий по ее задержанию.
Через несколько дней мировой суд оштрафовал Чирикову за организацию незаконного митинга и неповиновение сотрудникам милиции.
В том же месяце защитников Химкинского леса поддержали Greenpeace, WWF и Transparency International, направив Медведеву просьбу приостановить уничтожение Химкинского леса, а в сентябре 2010 года Гринпис России, WWF России, Центр охраны дикой природы, Союз охраны птиц России объявили о создании единой коалиции «За леса Подмосковья».
В ноябре 2010 года на организованной общероссийским общественным движением «Россия, вперед!» конференции «Новые лица гражданского общества» Чирикова была избрана председателем координационного совета всех региональных общественных организаций страны.
В декабре 2010 года после вынесения правительственной комиссией, возглавляемой вице-премьером Сергеем Ивановым, окончательного решения о том, что скоростная трасса Москва-Санкт-Петербург будет проложена через Химкинский лес и его поддержки Дмитрием Медведевым, Чирикова от лица защитников Химкинского леса заявила: «Мы начинаем политическую борьбу и будем настаивать на смене существующего строя».
В февраля 2011 года Евгения заявила о намерении районных органов опеки отобрать у нее детей по причине того, что родители якобы систематически истязают детей, морят голодом, а также поддерживают знакомство с сомнительными личностями.
В марте 2011 г. Чирикова встретилась с вице-президентом США Джозефом Байденом, посещавшим Россию с официальным визитом. Чирикова рассказала ему об альтернативных вариантах маршрута трассы, предлагаемых экологами, и о том, что, по ее мнению, Владимир Путин поддерживает коррупционный вариант. Байден вручил Чириковой награду Госдепа США «За храбрость», которой отмечаются выдающиеся женщины мира за отвагу и лидерские качества, проявленные в борьбе за социальную справедливость и соблюдение прав человека.
С 17 по 20 июня 2011 года Чирикова провела в Химкинском лесу гражданский форум «Антиселигер», на котором выступили в частности Алексей Навальный, Станислав Белковский, Артемий Троицкий и другие видные общественные деятели.
Чирикова намеревалась передать американским сенаторам «черные списки предателей общественных интересов России».
В 2015 году вместе со своей семьей переехала в Эстонию на постоянное место жительства., причиной стало, по ее заявлениям, «желание защитить своих детей от возможных репрессий со стороны государства».