Алексей Смертин родился 1 мая 1975 года в городе Барнаул, Алтайский край. Является воспитанником барнаульской футбольной школы «Динамо» и училища олимпийского резерва города Ленинск-Кузнецкий, Кемеровской области. Его первыми тренерами являлись Геннадий Смертин, Геннадий Гришко и Валерий Белозерский.
В начале своей карьеры Алексей играл за такие клубы первого дивизиона, как «Динамо», Барнаул; «Заря», Ленинск-Кузнецк. Позже Смертин переходит в элистинский «Уралан», а в 1999 году - в московский «Локомотив». Кульминацией российской части карьеры полузащитника стало выступление за столичный «Локомотив», в составе которого выиграл Кубок России и признан лучшим футболистом страны в 1999 году. Спортсмен быстро становится звездой этого клуба, и в 2000 году руководство решает не держать Смертина до окончания контракта, а продать его за 3,5 млн долларов во французский «Бордо». Позже Алексей опять возвращается в Россию.
В 2003 году он Алексей куплен в команду «Челси» за 3,45 миллионов фунтов, которую только что приобрел российский олигарх Роман Абрамович. Контракт подписан на 4 года. Позже Смертин на год арендован «Портсмутом», играл за «Чарльтон». Проведя сезон 2006 года в московском «Динамо» вернулся на Туманный Альбион в «Фулхэм», который и стал его последней командой.
В 2007 году подписал контракт с этой командой на 2,5 года, но играл до августа 2008 года. Стоит также отметить, что Алексей сыграл 55 матчей за сборную России и даже являлся ее капитаном. В 2009 году Смертин официально объявил о завершении своей спортивной карьеры.
С 2009 по 2011 год являлся депутатом Алтайского краевого Законодательного собрания, затем в течении двух лет занимал должность вице-президента «Локомотива» по аналитической работе и спорту. В 2013 году получил ученую степень «кандидат психологических наук». С 2014 года стал председателем Федерации футбола Алтайского края.
До октября 2018 года работал в московском «Динамо» советником Президента. Затем покинул клуб в связи с назначением на пост директора по региональной политике и международным отношениям Российского Футбольного Союза. Помимо этой должности Смертин занял пост офицера по борьбе с дискриминацией
Алексей Геннадьевич большое внимание уделяет общественно-политической деятельности, а также является одним из создателей детской спортивной школы своего имени в Барнауле, где бесплатно занимаются футболом 650 детей. Помимо этого выступает учредителем благотворительного фонда «Юные дарования», который опекает подрастающих спортсменов и деятелей искусств. А еще иногда комментирует матчи сборной России по футболу.
Бывший полузащитник сборной России Алексей Смертин 20 августа 2019 года назначен советником президента Российского футбольного союза. Чиновник продолжит исполнять функции офицера РФС по борьбе с дискриминациями в футболе.