По случаю оказался на «Мосфильме», где работал старшим администратором, ассистентом режиссёра, вторым режиссёром. В частности, Евгению Цымбалу довелось поработать ассистентом у Андрея Тарковского на съемках фильма «Сталкер».
В 1981 году состоялся дебют Евгения Цымбала на экране: Никита Михалков дал небольшую роль в фильме «Родня».
С 1988 года Евгений Цымбал выступает уже самостоятельно в качестве режиссёра-постановщика «Мосфильма». В этом же году, в ноябре, Цымбал дебютирует со среднеметражным фильмом «Защитник Седов» по повести Ильи Зверева, сразу получив международное признание. На международном кинофестивале в Мангейме картина получает специальный приз жюри и Премию FIPRESCI, а затем еще множество наград на других фестивалях, а также награду Британской академии кино и телевидения как лучший короткометражный фильм года.
В 1989 году Евгений Цымбал стажировался в США, в Санданс-Институте (Киношкола Роберта Редфорда). Затем поставил свой второй и на сегодняшний день последний игровой фильм «Повесть непогашенной луны» (по книге Бориса Пильняка), также удостоенный ряда престижных кинонаград. Вскоре последовал распад Советского Союза и всей системы кинопроизводства. Евгений Цымбал принял непростое решение уйти в документалистику:
В 1994 году стажировался и преподавал в Скандинавском институте Бископс-Арнё (Швеция). Как режиссёр-документалист Евгений Цымбал снял фильмы о Дзиге Вертове (Дзига и его братья, 2002, «Ника» за лучший неигровой фильм), Андрее Тарковском, Александре Кайдановском (Сны сталкера, 1998) и ряд других картин.
Член правления Российского Общества Правообладателей в аудиовизуальной сфере (РОПАС).
Также работает на телевидении. Автор ряда статей и исследований по вопросам истории, истории кино и литературы.
В 1971 году окончил исторический факультет Ростовского государственного университета. В 1984 году Евгений Цымбал учится на Высших курсах сценаристов и режиссёров, режиссёрское отделение, мастерская Эльдара Рязанова.