В 1989 году после окончания средней школы № 63 Ульяновска Сергей Колесников поступил в Московский Физико-Технический Институт на факультет физической и квантовой электроники, который окончил в 1995 году по специальности инженер-физик.
В 1992 году, во время учёбы в институте, выбрал направление деятельности и вместе с однокурсником Игорем Рыбаковым организовал компанию «Технониколь», занимающуюся производством кровельных и изоляционных материалов, к настоящему времени она входит в число 200 крупнейших частных компаний России.
Сергей Колесников в 1990 году, на первом курсе института, начал подрабатывать вместе с Игорем Рыбаковым ремонтом и укладкой кровель. Весной 1992 года через знакомых-кровельщиков однокурсники получили первый большой заказ на ремонт кровли обувной фабрики в городе Кимры.
В 1994 году компания Технониколь приобрела первый завод по производству кровельных и гидроизоляционных материалов в городе Выборг. В течение пяти лет после приобретения Выборгского завода компания прибавила ещё четыре производства и 35 торговых представительств, в том числе первое зарубежное — в Киеве.
В 2001 году Технониколь приобретает и первый зарубежный завод Gargzdu MIDA (Литва), где запускает производство гибкой черепицы под маркой SHINGLAS.
На начало 2019 года в состав корпорации входят 53 завода в России, Беларуси, Литве, Чехии, Германии, Шотландии, Италии, включая собственные зарубежные активы Колесникова, которые он приобрёл в 2016—2018 гг.
В 2016 году Колесников приобрёл крупнейшего производителя стекловаты в Шотландии Superglass Holdings PLC. В 2017 году им был куплен крупный частный немецкий производитель гидроизоляционных материалов — компания Börner.
Сергей Колесников активно развивает другие направления деятельности: владеет акциями компании Silver Bear и Ульяновской ГЗС.
С декабря 2012 года принимает активное участие в общественной деятельности. Является членом Координационного совета общественной организации «Деловая Россия». 3 июня 2015 года Сергей Колесников возглавил комитет по антимонопольному законодательству «Деловой России». В январе 2015 года в Государственную Думу были внесены поправки к законопроекту N260190-6, предусматривающих внесение изменений в статью 178 УК РФ («Недопущение, ограничение или устранение конкуренции»), в подготовке которых принимала участие рабочая группа под руководством Колесникова.
С 2014 года является общественным представителем Уполномоченного при Президенте РФ по защите прав предпринимателей Бориса Титова, омбудсмен по антимонопольному законодательству; является Членом Комитета по развитию конкуренции РСПП и Членом Общественно-делового совета по основному направлению стратегического развития РФ «Реформа контрольной и надзорной деятельности», а также Общественно-Делового Совета при ФАС России.
В 2015 году был отмечен благодарностью за общественную деятельность от Президента РФ Владимира Путина.
Является одним из ведущих в России приверженцев и популяризаторов бизнес-философии «кайдзен» («бережливое производство» или lean production). Внедрением философии «бережливого производства» в Технониколь Колесников занимается с 2005 года.