Родился 4 сентября 1950 года в селе Белозерском Курганской области. В 1971 году окончил Свердловский юридический институт и поступил на службу в органы прокуратуры Красноярского края. Работал следователем, старшим следователем, прокурором-криминалистом, заместителем прокурора района, начальником следственной части, первым заместителем областного прокурора. С августа 1988 года по май 2000 года занимал пост прокурора Курганской области.
В июне 2000 года Совет Федерации Федерального Собрания РФ утвердил назначение В.В. Зубрина заместителем генерального прокурора Российской Федерации. В 2004 году Владимир Зубрин был назначен руководителем следственного департамента Федеральной службы по контролю за оборотом наркотических средств и психотропных веществ, а в 2005 году – заместителем руководителя этой службы.
С ноября 2008 года Владимир Зубрин работал заместителем министра юстиции Российской Федерации. С 2012 года – генеральный директор ФГУ «Федеральное агентство по правовой защите результатов интеллектуальной деятельности военного, специального и двойного назначения» при Министерстве юстиции Российской Федерации.
В октябре 2014 года Владимир Зубрин назначен заместителем губернатора Курганской области по внешнеэкономическим связям.