Геннадий Гудков родился 15 августа 1956 года в Коломне, Московская область. В семнадцать лет написал письмо Юрию Андропову, чтобы выяснить, как можно начать службу в КГБ.
В 1978 году окончил факультет иностранных языков Коломенского государственного педагогического института по профессии преподаватель английского языка. Учась в пединституте, подрабатывал на свадьбах игрой на баяне. Был заместителем секретаря комитета комсомола вуза.
После окончания вуза был призван на срочную службу в Советскую Армию на два года. Во время службы вступил в КПСС. В 1980 году вернулся из армии в Коломну. Работал в Коломенском горкоме ВЛКСМ, сначала инструктором, а затем заведующим отделом оперативной и оборонно-массовой работы.
С 1982 года по январь 1993 года работал в органах госбезопасности СССР. Окончил школу контрразведки, институт КГБ имени Ю. В. Андропова. Уволен без права ношения военной формы одежды с должности оперуполномоченного УМБ РФ по г. Москве и Московской обл., воинское звание на момент увольнения - майор. Как депутату Госдумы присвоены воинские звания: подполковник запаса (1999) и полковник запаса (2003) Во время службы в Коломенском горотделе КГБ увлекался чтением «антисоветской» литературы.
С 1992 года - президент охранного объединения «Оскордъ», вице-президент московского международного фонда содействия ЮНЕСКО.
Создатель и владелец группы компаний «Оскордъ» - холдинга охранных агентств, развившегося в 1990-е годы бизнеса. По сообщениям СМИ, к 1996 году в фирме работало около трех тысяч человек, из которых больше половины составляли бывшие сотрудники спецслужб и правоохранительных органов.
Через третьих лиц контролирует ряд ЧОПов, среди которых - «Оскордъ», «Потан» а так же в родном городе Коломна - «Арсенал», «Сармат», «Аванпост» расположенных по адресу ул. Партизан, д.2
В 1997-2001 годах Гудков был членом консультативного совета при директоре ФСБ, в который входили руководители частных охранных компаний.
С 2001 года - депутат Государственной Думы РФ от Коломенского одномандатного округа. В парламенте вошел в депутатскую группу «Народный депутат», а также стал председателем подкомитета по законодательству в сфере охранной и детективной деятельности. Тогда же стал заместителем председателя Народной партии РФ (НПРФ), которую тогда возглавлял Геннадий Райков.
С избранием депутатом Государственной думы, из-за запрета заниматься коммерческой деятельностью на посту государственной службы, передал свою должность президента объединения структур безопасности ЧОП «Оскорд», своей супруге Марии Гудковой, оставшись его владельцем.
В апреле 2004 года на съезде НПРФ было принято решение избрании Гудкова председателем партии вместо Райкова. Некоторые СМИ связывали уход Райкова с расколом в Народной партии, который был связан с тем, что Гудков выступал за поддержку «Единой России», и возможное последующее присоединение к партии власти, а Райков же придерживался противоположной позиции. Однако, после ухода Райкова и продолжительных переговоров, присоединение так и не состоялось.
В декабре 2008 года предложил вернуть рекламу пива в российские СМИ в полном объёме, чтобы помочь телевидению, радио и печатным изданиям в условиях финансового кризиса. Но при этом сохранялась возможность вернуться к прежним ограничениям на рекламу пивной продукции после улучшения экономической ситуации. Законопроект так и не был принят.
На выборах в Государственную думу шестого созыва, состоявшихся 4 декабря 2011 года, Гудков возглавил один из региональных списков «Справедливой России» от Москвы и вновь был избран депутатом. Главой партийной фракции был избран Сергей Миронов, а Гудков стал его заместителем. Когда итоги выборов были объявлены, Гудков заявил о множестве нарушений и предложил КПРФ и ЛДПР отказаться от депутатских мандатов и добиться проведения перевыборов. Но никто отказываться от мандатов так и не стал.
28 сентября 2011 года на пресс-конференции в «Комсомольской правде» Геннадий Гудков обнародовал факты, связанные с госзакупками. На покупку авто для чиновников всех уровней в год уходит порядка 6 млрд рублей. Кроме того, Геннадий Гудков внес в Госдуму законопроект об ограничении покупательной способности госслужащих. Один из авторов документа - Алексей Навальный.
14 мая 2013 года, был выдвинут кандидатом на выборы губернатора Московской области от партии «Яблоко». 8 сентября в единый день голосования получил 4,43 % (92977 голосов).
Гудков выступил вместе с Алексеем Навальным, Борисом Немцовым и другими общественными деятелями в качестве одного из организаторов митинга «За честные выборы», прошедшего 24 декабря в городах России и в Москве собравшего, по разным оценкам, от 29 тысяч до более чем ста тысяч человек. Во время выступления на митинге на Болотной площади заявил, что сдаст депутатский мандат после отнятия мандатов у правящей партии.
Учредил социал-демократическую политическую партию «Социал-демократы России» (СДР) 15 декабря 2013 года, и возглавил ее. В руководство партии так же вошли исключенные из партии Справедливой России депутаты, его сын Дмитрий Гудков и Илья Пономарёв. На съезде были определены союзники новой партии, было решено создать коалицию с партиями Яблоко - от которой он баллотировался в губернаторы, партией Народный альянс и экологической партии Альянс зелёных.
Осенью 2013 года участвовал в выборах губернатора Московской области, где был поддержан партией «Яблоко» и занял третье место (4,43 %).
Геннадий Гудков 8 октября 2014 года ушёл с поста и покинул партию. Своё решение он объяснил давлением, которое оказывается на партию в обстановке общего обострения политической ситуации, вдобавок его председательство не способствует освобождению сопредседателя партии Глеба Фетисова.