Петрукович А.А. в 1990-2000 гг. принимал участие в российских и международных космических проектах «Интербол», «Geotail», «Cluster». В настоящее время под его руководством разрабатываются и проводятся эксперименты на российских КА «Спектр-Р», «Резонанс», «Луна-Глоб». Он является представителем РФ в координационной группе космических агентств по солнечно-земной физике (ILWS).
22 декабря 2011 г. Петруковича А.А. избрали членом-корреспондентом Российской академии наук по Отделению физических наук, специализация - "общая физики и астрономия".
По итогам выборов директора Института космических исследований РАН от 29 мая 2018 г. избран директором ИКИ РАН (вступил в должность 21 сентября 2018 г.)
Выпускник кафедры космической физики МФТИ в 1990 г. В 2003 г. А.А. Петрукович защитил докторскую диссертацию на тему "Динамика и структура магнитного хвоста Земли в зависимости от межпланетного магнитного поля " и ему было присвоено ученое звание - доктор физико-математических наук.