В течение последних 15 лет Сергей Ковтун занимал руководящие должности в банковской индустрии, в том числе руководил подразделением Сбербанка России по международной отчётности и работы с международными рейтинговыми агентствами, участвовал в дебютных размещениях евробондов Сбербанка в 2004 – 2005 гг.; занимал руководящие позиции в финансовом блоке «Росбанка», в том числе руководил объединением «Росбанка» и Банка «Сосьете Женераль Восток».
С ноября 2011 по июль 2017 работал в «Номос-Банке» (впоследствии переименован в «ФК Открытие»), где прошел путь от заместителя финансового директора/директора департамента экономического анализа и планирования до финансового директора банка.
С апреля 2016 года по настоящее время – член Совета директоров Банка RCB, Кипр.
В 1997 году окончил Московский государственный институт международных отношений МИД СССР.